Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB2O43679 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB2O43679 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB2O43679 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB2O43679 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB2O43679 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB2O43679 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB2O43679 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB2O43679 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB2O43679 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB2O43679 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB2O43679 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB2O43679 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB2O43679 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB2O43679 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB2O43679 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms