Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRIM28Q13263 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
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