Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPL28P46779 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPL28P46779 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPL28P46779 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPL28P46779 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPL28P46779 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPL28P46779 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPL28P46779 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
RPL28P46779 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
RPL28P46779 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RPL28P46779 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.3 ms