RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543627.1

DDB1-222, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 5

Gene DDB1, Length 540 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-222	ENST00000543627	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	14.94	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	MEGF6	O75095	1541 aa		14.94	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	14.94	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		14.94	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		14.93	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	14.92	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		14.92	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	SPG7	Q9UQ90	795 aa		14.92	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	14.91	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	HMOX1	P09601	288 aa		14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	NBPF14	Q5TI25	921 aa		14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		14.9	□□□□□ -0.02
DDB1-222	ENST00000543627	IL13	P35225	146 aa		14.89	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	14.89	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	CYP27B1	O15528	508 aa		14.88	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	14.88	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		14.88	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	CFAP53	Q96M91	514 aa		14.88	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		14.88	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	PLSCR1	O15162	318 aa		14.87	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	SBF2	Q86WG5	1849 aa		14.87	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		14.86	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	PPP2R1A	P30153	589 aa		14.86	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	TXNRD1	Q16881	649 aa		14.86	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		14.86	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	14.85	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	BCL9	O00512	1426 aa		14.84	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	KCNQ4	P56696	695 aa		14.84	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		14.84	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	PROM2	Q8N271	834 aa		14.84	□□□□□ -0.03
DDB1-222	ENST00000543627	PHKG2	P15735	406 aa		14.83	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		14.83	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	NUDC	Q9Y266	331 aa		14.83	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		14.83	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	STK32B	Q9NY57	414 aa		14.82	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	14.82	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	14.81	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	14.81	□□□□□ -0.04	3e-7	■□□□□ 8
DDB1-222	ENST00000543627	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		14.81	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	NCAPD2	Q15021	1401 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	NHS	Q6T4R5	1651 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	CABP4	P57796	275 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	PIGB	Q92521	554 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	BTAF1	O14981	1849 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-222	ENST00000543627	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	DCAF5	Q96JK2	942 aa		14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PRKAR2B	P31323	418 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	RALBP1	Q15311	655 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	SLC15A2	Q16348	729 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	MSH5	O43196	834 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	RREB1	Q92766	1687 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	KDR	P35968	1356 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PALLD	Q8WX93	1383 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	LGR6	Q9HBX8	967 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ZBTB7A	O95365	584 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	NEFM	P07197	916 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ZNF827	Q17R98	1081 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ATG3	Q9NT62	314 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ATP6V1A	P38606	617 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-222	ENST00000543627	ITGB4	P16144	1822 aa		14.71	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	SIK1	P57059	783 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	FCHSD2	O94868	740 aa		14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	AK7	Q96M32	723 aa		14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-222	ENST00000543627	SPON1	Q9HCB6	807 aa		14.69	□□□□□ -0.06

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