RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000427110.6

PTPRC-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRC, Length 264 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRC-208	ENST00000427110	MCCD1	P59942	119 aa	Predicted RBP	5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	PTS	Q03393	145 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	OXLD1	Q5BKU9	147 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	RNF135	Q8IUD6	432 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110		A0A1W2PRU2	124 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	RHOQ	P17081	205 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	GMPR	P36959	345 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF800	Q2TB10	664 aa	Predicted RBP eCLIP	5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	PHTF2	Q8N3S3	785 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	DOLK	Q9UPQ8	538 aa		5	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	RAD21	O60216	631 aa		4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	TRAK2	O60296	914 aa		4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	SEMA3F	Q13275	785 aa		4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	WASHC4	Q2M389	1173 aa		4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	PRICKLE2	Q7Z3G6	844 aa		4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	FLII	Q13045	1269 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	CYP2U1	Q7Z449	544 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF592	Q92610	1267 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	IL2RA	P01589	272 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	PLPP7	Q8NBV4	271 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	IRF7	Q92985	503 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	NLRP3	Q96P20	1036 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRC-208	ENST00000427110	CDC14C	A4D256	554 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	RNF144A	P50876	292 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	POU4F2	Q12837	409 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CLN3	Q13286	438 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	LYSMD3	Q7Z3D4	306 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	C14orf37	Q86TY3	774 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	NPAS3	Q8IXF0	933 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	DEPDC4	Q8N2C3	294 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GPR161	Q8N6U8	529 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CNKSR1	Q969H4	720 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ALG2	Q9H553	416 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC35F4	A4IF30	521 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	WIPF1	O43516	503 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SKI	P12755	728 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ITGA6	P23229	1130 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CCDC125	Q86Z20	511 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ETNK1	Q9HBU6	452 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GNRH1	P01148	92 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	VSIG8	P0DPA2	414 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SOX11	P35716	441 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	PHKA2	P46019	1235 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CENPC	Q03188	943 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	USP4	Q13107	963 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	VWA5B2	Q8N398	1253 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	KRT76	Q01546	638 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	RIPOR1	Q6ZS17	1223 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	WWC1	Q8IX03	1113 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	UCN2	Q96RP3	112 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GRIP2	Q9C0E4	1043 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	USP17L5	A8MUK1	530 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GPC1	P35052	558 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	SCNN1D	P51172	638 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GDF10	P55107	478 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	NCOA4	Q13772	614 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	TLR1	Q15399	786 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	RNFT1	Q5M7Z0	435 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	NBPF15	Q8N660	670 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	TRIM52	Q96A61	297 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	XAGE2	Q96GT9	111 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	HRH3	Q9Y5N1	445 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GPR25	O00155	361 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	MAP7D1	Q3KQU3	841 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GLMN	Q92990	594 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	GPAM	Q9HCL2	828 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPRC-208	ENST00000427110	TMEM229A	B2RXF0	380 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	GTF2I	P78347	998 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	INSM1	Q01101	510 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PSME1	Q06323	249 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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