RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000306324.3

HOXD4-201, Transcript of homeobox D4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD4, Length 1,464 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4-201ENST00000306324 TNS2Q63HR2 1409 aa29.92■■■□□ 2.38
HOXD4-201ENST00000306324 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP29.9■■■□□ 2.38
HOXD4-201ENST00000306324 SHANK3Q9BYB0 1731 aa29.89■■■□□ 2.38
HOXD4-201ENST00000306324 KDRP35968 1356 aa29.89■■■□□ 2.38
HOXD4-201ENST00000306324 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP29.88■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP29.88■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 PKD1L3Q7Z443 1732 aa29.88■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 FAM182BQ5T319 152 aa29.87■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP29.87■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 KAT6BQ8WYB5 2073 aa29.86■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP29.84■■■□□ 2.37
HOXD4-201ENST00000306324 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP29.82■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 SPG7Q9UQ90 795 aa29.81■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 CCDC184Q52MB2 194 aa29.8■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa29.79■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa29.79■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 RSPH6AQ9H0K4 717 aa29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 MRS2Q9HD23 443 aa29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 SBF2Q86WG5 1849 aa29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa29.78■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 PRKAR2BP31323 418 aa29.77■■■□□ 2.36
HOXD4-201ENST00000306324 FCHSD2O94868 740 aa29.76■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 AMOTQ4VCS5 1084 aa29.76■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 FAM196AQ6ZSG2 479 aa29.76■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 CYP27B1O15528 508 aa29.74■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP29.73■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 IFNL2Q8IZJ0 200 aa29.71■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 DOT1LQ8TEK3 1739 aa29.71■■■□□ 2.35
HOXD4-201ENST00000306324 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP29.7■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 PHACTR3Q96KR7 559 aa29.69■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 PHKG2P15735 406 aa29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 MTHFSDQ2M296 383 aaKnown RBP29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 C1orf141Q5JVX7 400 aa29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 ADAMTS8Q9UP79 889 aa29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 BCL9O00512 1426 aa29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 NEFMP07197 916 aa29.68■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 TRIM37O94972 964 aa29.66■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 ACSBG1Q96GR2 724 aa29.66■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa29.65■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 NHSQ6T4R5 1651 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 MIER1Q8N108 512 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 GAS2L2Q8NHY3 880 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 PLEKHF1Q96S99 279 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 DLG5Q8TDM6 1919 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 ITGB4P16144 1822 aa29.64■■■□□ 2.34
HOXD4-201ENST00000306324 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa29.64■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP29.63■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP29.63■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 TNS1Q9HBL0 1735 aaKnown RBP29.63■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP29.62■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 AKAP4Q5JQC9 854 aa29.62■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 CCDC146Q8IYE0 955 aa29.62■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 SCN11AQ9UI33 1791 aa29.62■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP29.61■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP29.61■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 KCNQ2O43526 872 aa29.6■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 CCER2I3L3R5 266 aa29.59■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP29.59■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa29.59■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 BTAF1O14981 1849 aa29.59■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 PRIM1P49642 420 aaKnown RBP29.58■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 PTF1AQ7RTS3 328 aa29.58■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 DCAF5Q96JK2 942 aa29.58■■■□□ 2.33
HOXD4-201ENST00000306324 SOCS7O14512 581 aa29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 CCDC125Q86Z20 511 aa29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 RUNDC1Q96C34 613 aa29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 MAP3K5Q99683 1374 aa29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP29.57■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 FAM9BQ8IZU0 186 aa29.56■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 GNAT3A8MTJ3 354 aa29.55■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 NFE2L2Q16236 605 aa29.53■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 APBA3O96018 575 aa29.52■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 LGR6Q9HBX8 967 aa29.52■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa29.52■■■□□ 2.32
HOXD4-201ENST00000306324 RNMTO43148 476 aaKnown RBP29.5■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 ERVV-2B6SEH9 535 aa29.49■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP29.49■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 TMOD3Q9NYL9 352 aa29.49■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 TMPOP42166 694 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 BAG6P46379 1132 aa29.48■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 CABP4P57796 275 aa29.48■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 NEUROD2Q15784 382 aa29.48■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 RIPK4P57078 832 aa29.47■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 DEFB132Q7Z7B7 95 aa29.47■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 IL17REQ8NFR9 667 aa29.46■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 PIGBQ92521 554 aa29.46■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 APAF1O14727 1248 aa29.45■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 MCM10Q7L590 875 aa29.45■■■□□ 2.31
HOXD4-201ENST00000306324 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP29.44■■■□□ 2.3
HOXD4-201ENST00000306324 DCTN1Q14203 1278 aa29.44■■■□□ 2.3
HOXD4-201ENST00000306324 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa29.44■■■□□ 2.3
HOXD4-201ENST00000306324 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP29.43■■■□□ 2.3
HOXD4-201ENST00000306324 SLC52A2Q9HAB3 445 aa29.43■■■□□ 2.3
HOXD4-201ENST00000306324 MRC1P22897 1456 aa29.43■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.3 ms