RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 ZSCAN21Q9Y5A6 473 aaPredicted RBP20.65■□□□□ 0.9
PTPRF-209ENST00000438120 CEBPZQ03701 1054 aaKnown RBP20.65■□□□□ 0.9
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF771Q7L3S4 317 aaPredicted RBP20.65■□□□□ 0.9
PTPRF-209ENST00000438120 TTLL5Q6EMB2 1281 aa20.64■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CNNM1Q9NRU3 951 aa20.64■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 FYCO1Q9BQS8 1478 aa20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CT47A1Q5JQC4 288 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 OLFM4Q6UX06 510 aa20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 MYL6BP14649 208 aa20.63■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 XBP1P17861 261 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 PPP1R1BQ9UD71 204 aaPredicted RBP20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CFTRP13569 1480 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 GNAI2P04899 355 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 TTC39AQ5SRH9 613 aa20.62■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 TATP17735 454 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 FMNL2Q96PY5 1086 aa20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 EPS15P42566 896 aa20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CAVIN1Q6NZI2 390 aaKnown RBP20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 SART3Q15020 963 aaKnown RBP20.61■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa20.6■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 STK3Q13188 491 aa20.6■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 CABP4P57796 275 aa20.6■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa20.6■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 SETQ01105 290 aaPredicted RBP20.6■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 MNS1Q8NEH6 495 aa20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 PRPF40AO75400 957 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 AAMPQ13685 434 aa20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 ZFYVE27Q5T4F4 411 aa20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 SLC26A8Q96RN1 970 aa20.59■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 OFD1O75665 1012 aa20.58■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP20.58■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 NBPF8Q3BBV2 869 aa20.58■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 FAM43AQ8N2R8 423 aa20.58■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP20.58■□□□□ 0.89
PTPRF-209ENST00000438120 FIBPO43427 364 aa20.58■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 NASPP49321 788 aaPredicted RBP20.58■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 ATP2B2Q01814 1243 aa20.58■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP20.58■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 VSIG10Q8N0Z9 540 aa20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 NAT10Q9H0A0 1025 aaKnown RBP20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC158Q5M9N0 1113 aa20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 ODF2Q5BJF6 829 aa20.57■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 SCAPERQ9BY12 1400 aa20.56■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP20.56■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 TRAK2O60296 914 aa20.55■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM5Q9C035 493 aa20.55■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 R3HCC1Q9Y3T6 440 aaKnown RBP20.55■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 SMC2O95347 1197 aa20.55■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 AKNAQ7Z591 1439 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 RUFY1Q96T51 708 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 SYNJ2O15056 1496 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 RAPGEF3O95398 923 aa20.54■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 ERC1Q8IUD2 1116 aa20.53■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP20.53■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 GCC1Q96CN9 775 aa20.53■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 KINO60870 393 aaKnown RBP20.53■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 LRRCC1Q9C099 1032 aa20.52■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa20.52■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 CDK5RAP3Q96JB5 506 aa20.52■□□□□ 0.88
PTPRF-209ENST00000438120 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP20.52■□□□□ 0.885e-7■■■■■ 120.3
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM132AQ24JP5 1023 aa20.52■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 HIP1O00291 1037 aa20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CAGE1Q8TC20 777 aa20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 SLC3A2P08195 630 aaKnown RBP20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 STK38Q15208 465 aa20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 C9orf84Q5VXU9 1444 aa20.51■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP20.5■□□□□ 0.871e-7■■■■■ 44.7
PTPRF-209ENST00000438120 TEX35Q5T0J7 233 aa20.5■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 ARAP1Q96P48 1450 aa20.5■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 GRIN2BQ13224 1484 aa20.5■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa20.5■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 RABEP1Q15276 862 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 SKIDA1Q1XH10 827 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CCT4P50991 539 aaKnown RBP20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC39Q9UFE4 941 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 MRE11P49959 708 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 PDE3AQ14432 1141 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 MPNDQ8N594 471 aa20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 GNL3LQ9NVN8 582 aaKnown RBP20.49■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 KRT18P05783 430 aaKnown RBP20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 SPC24Q8NBT2 197 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 NUP133Q8WUM0 1156 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 DDX24Q9GZR7 859 aaKnown RBP eCLIP20.48■□□□□ 0.874e-8■■■□□ 16.3
PTPRF-209ENST00000438120 MIS18AQ9NYP9 233 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CYP46A1Q9Y6A2 500 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 AACSQ86V21 672 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 IL1RAPL2Q9NP60 686 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 TSPY26PQ9H489 355 aa20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.7 ms