RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558843.5

COPS2-205, Transcript of COP9 signalosome subunit 2, human

TSL 1 (best)

Gene COPS2, Length 803 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COPS2-205	ENST00000558843	KDM4A	O75164	1064 aa		10.77	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	MMP16	P51512	607 aa		10.77	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	IRF6	O14896	467 aa		10.76	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	10.76	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	DACH1	Q9UI36	760 aa		10.76	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	HLA-C	Q95604	372 aa		10.75	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	AXIN1	O15169	862 aa		10.74	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	TRIM32	Q13049	653 aa		10.74	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	10.74	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	TTC24	A2A3L6	582 aa	Predicted RBP	10.73	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	WNT7A	O00755	349 aa		10.73	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	DXO	O77932	396 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	USP46	P62068	366 aa		10.72	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		10.72	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	CCDC102A	Q96A19	550 aa		10.72	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	10.72	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	HOXA2	O43364	376 aa		10.71	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	SMCP	P49901	116 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	10.71	□□□□□ -0.69
COPS2-205	ENST00000558843	SNIP1	Q8TAD8	396 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	MRGPRX2	Q96LB1	330 aa		10.69	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	SMPD1	P17405	629 aa		10.68	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	GUCA2A	Q02747	115 aa		10.68	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		10.68	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	TREML4	Q6UXN2	200 aa		10.67	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		10.67	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	CLCN1	P35523	988 aa		10.65	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		10.65	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843	REPIN1	Q9BWE0	567 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
COPS2-205	ENST00000558843		J3QL48	77 aa		10.64	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	JUND	P17535	347 aa		10.63	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	SKOR1	P84550	965 aa		10.63	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	WNT7B	P56706	349 aa		10.61	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		10.61	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	ATP13A2	Q9NQ11	1180 aa		10.61	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	HPS1	Q92902	700 aa		10.6	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	RETREG3	Q86VR2	466 aa		10.59	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
COPS2-205	ENST00000558843	WFS1	O76024	890 aa		10.57	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		10.57	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	FDX1	P10109	184 aa		10.56	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	SNRPB	P14678	240 aa	Known RBP	10.56	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	DHX30	Q7L2E3	1194 aa	Known RBP eCLIP	10.56	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	PCDHGC3	Q9UN70	934 aa		10.56	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	10.55	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	10.54	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	TRIM47	Q96LD4	638 aa		10.54	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	C6orf229	H3BNL8	230 aa		10.53	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	ALDH1A1	P00352	501 aa		10.53	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	SENP2	Q9HC62	589 aa		10.53	□□□□□ -0.72
COPS2-205	ENST00000558843	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	10.52	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		10.52	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		10.52	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	MS4A1	P11836	297 aa		10.51	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	SIAH2	O43255	324 aa		10.5	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	CCNYL3	P0C7X3	344 aa		10.5	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	NDUFV2	P19404	249 aa		10.49	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	KIFC2	Q96AC6	838 aa		10.49	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	MOXD2P	A6NHM9	499 aa		10.48	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	SH3BP2	P78314	561 aa		10.48	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	PTPRN	Q16849	979 aa		10.48	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		10.47	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		10.47	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	TERT	O14746	1132 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	WIPF1	O43516	503 aa		10.46	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	AMHR2	Q16671	573 aa		10.46	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	LCE2C	Q5TA81	110 aa		10.46	□□□□□ -0.73
COPS2-205	ENST00000558843	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	PRR7	Q8TB68	274 aa		10.45	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	WASF2	Q9Y6W5	498 aa		10.45	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	ZMYND10	O75800	440 aa		10.44	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	LINC01559	Q495D7	138 aa		10.44	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	EVA1B	Q9NVM1	165 aa		10.44	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	BMP1	P13497	986 aa		10.43	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	MTMR2	Q13614	643 aa		10.43	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	KCNH2	Q12809	1159 aa		10.42	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		10.42	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	BAP1	Q92560	729 aa		10.42	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		10.42	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	CAPN5	O15484	640 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	INSM1	Q01101	510 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		10.41	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		10.4	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	DESI1	Q6ICB0	168 aa		10.4	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	ZNF511	Q8NB15	262 aa		10.4	□□□□□ -0.74
COPS2-205	ENST00000558843	STK17A	Q9UEE5	414 aa		10.39	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		10.38	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	GJA5	P36382	358 aa		10.36	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	PARP9	Q8IXQ6	854 aa		10.36	□□□□□ -0.75
COPS2-205	ENST00000558843	CTH	P32929	405 aa		10.35	□□□□□ -0.75

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