RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000422344.5

TRAF4-204, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 3

Gene TRAF4, Length 631 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-204	ENST00000422344	STK26	Q9P289	416 aa		31.98	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		31.97	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		31.97	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		31.96	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	LAMC1	P11047	1609 aa		31.96	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.71
TRAF4-204	ENST00000422344	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	31.94	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	31.93	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		31.92	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	TECPR2	O15040	1411 aa		31.92	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	ABCC11	Q96J66	1382 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	31.91	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	ORAI2	Q96SN7	254 aa		31.9	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		31.89	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	ADAMTS2	O95450	1211 aa		31.89	■■■□□ 2.7
TRAF4-204	ENST00000422344	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	31.88	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	NGLY1	Q96IV0	654 aa		31.88	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	STAC3	Q96MF2	364 aa		31.88	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	31.88	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	RGS12	O14924	1447 aa		31.85	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		31.85	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	31.84	■■■□□ 2.69
TRAF4-204	ENST00000422344	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		31.81	■■■□□ 2.68
TRAF4-204	ENST00000422344	SIRT1	Q96EB6	747 aa		31.79	■■■□□ 2.68
TRAF4-204	ENST00000422344	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		31.79	■■■□□ 2.68
TRAF4-204	ENST00000422344	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	USP21	Q9UK80	565 aa		31.76	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		31.74	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	ADGRB1	O14514	1584 aa		31.73	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	PRAM1	Q96QH2	718 aa		31.72	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	POGK	Q9P215	609 aa		31.72	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	DLC1	Q96QB1	1528 aa		31.71	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	31.7	■■■□□ 2.67
TRAF4-204	ENST00000422344	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	31.69	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		31.69	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	31.68	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	31.68	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		31.68	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	NUTM2F	A1L443	756 aa		31.67	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	31.66	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	FOXO3	O43524	673 aa		31.65	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		31.64	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		31.64	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	PXDN	Q92626	1479 aa		31.64	■■■□□ 2.66
TRAF4-204	ENST00000422344	ATRN	O75882	1429 aa		31.63	■■■□□ 2.65
TRAF4-204	ENST00000422344	NEUROD1	Q13562	356 aa		31.61	■■■□□ 2.65
TRAF4-204	ENST00000422344	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		31.61	■■■□□ 2.65
TRAF4-204	ENST00000422344	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		31.59	■■■□□ 2.65
TRAF4-204	ENST00000422344	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	31.57	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		31.56	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		31.55	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	ADGRB2	O60241	1585 aa		31.55	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	KIF1A	Q12756	1690 aa		31.54	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	31.54	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	31.53	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	31.52	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		31.51	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	EP400	Q96L91	3159 aa		31.51	■■■□□ 2.64
TRAF4-204	ENST00000422344	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	31.5	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	31.49	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		31.49	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		31.48	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		31.48	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	31.47	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		31.47	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		31.45	■■■□□ 2.63
TRAF4-204	ENST00000422344	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	31.44	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		31.43	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	USP32	Q8NFA0	1604 aa		31.42	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	31.41	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		31.41	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	CCDC125	Q86Z20	511 aa		31.4	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		31.4	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	PSME1	Q06323	249 aa		31.39	■■■□□ 2.62
TRAF4-204	ENST00000422344	SLIT2	O94813	1529 aa		31.39	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		31.38	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		31.38	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	31.37	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	TONSL	Q96HA7	1378 aa		31.37	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		31.37	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	GLI3	P10071	1580 aa		31.36	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	PLEKHG5	O94827	1062 aa		31.36	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		31.34	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		31.34	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	31.34	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		31.34	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	31.33	■■■□□ 2.61
TRAF4-204	ENST00000422344	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		31.31	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	CDK19	Q9BWU1	502 aa		31.31	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	SBNO1	A3KN83	1393 aa		31.3	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		31.3	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	ITSN1	Q15811	1721 aa		31.29	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	31.29	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	31.29	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		31.28	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	ATP7B	P35670	1465 aa		31.27	■■■□□ 2.6
TRAF4-204	ENST00000422344	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		31.26	■■■□□ 2.6

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.8 ms