RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	YMR315W	Q04869	349 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YCR023C	P25351	611 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YKT6	P36015	200 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	MAK5	P38112	773 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	AVO2	Q04749	426 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	CCW12	Q12127	133 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	CDC39	P25655	2108 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	JIP3	O13555	125 aa		0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	ADE1	P27616	306 aa		0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	GAL83	Q04739	417 aa		0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	GET4	Q12125	312 aa		0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YOR015W	Q12169	119 aa		0.2	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	AHT1	P29589	182 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	ECM4	P36156	370 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	RRT1	P38192	103 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	FYV4	P38783	130 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NSE4	P43124	402 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	SOL1	P50278	321 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	SBH1	P52870	82 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	FIT1	Q04433	528 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YLR031W	Q07978	186 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YOL024W	Q08172	172 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NUM1	Q00402	2748 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YKR041W	P36134	250 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	PIR1	Q03178	341 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	GRX3	Q03835	250 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YHP1	Q04116	353 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	DAS2	Q12084	232 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YOR342C	Q12182	319 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	RAD9	P14737	1309 aa		0.19	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	RPB4	P20433	221 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	RIM9	Q04734	239 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YMR226C	Q05016	267 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NOC4	Q06512	552 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YLR036C	Q07986	203 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	BRX1	Q08235	291 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	ATG41	Q12048	136 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YOR381W-A	Q3E804	55 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	TAH1	P25638	111 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YBL010C	P32788	280 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	PGA1	P53896	198 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	DML1	Q03652	475 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	DGK1	Q12382	290 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	ADF1	Q2V2Q1	113 aa		0.18	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NSG1	P38837	291 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YNL200C	P40165	246 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	CCS1	P40202	249 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	GRX8	Q05926	109 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	LAA1	P39526	2014 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	URA2	P07259	2214 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NSA2	P40078	261 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NRK1	P53915	240 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YPR127W	Q06494	345 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	GRE1	Q08969	168 aa		0.17	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	TRX3	P25372	127 aa		0.16	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YAR064W	P39563	99 aa		0.16	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	MRPS17	Q03246	237 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	AIM34	Q03673	198 aa		0.16	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YLR412C-A	Q3E742	68 aa		0.16	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YOL013W-A	P0C272	63 aa	Predicted RBP	0.15	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	NTG1	P31378	399 aa		0.15	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	SNO1	Q03144	224 aa		0.15	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	YKL102C	P34249	101 aa		0.15	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	SHB17	P36136	271 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YKR070W	P36151	352 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	DCV1	P43595	202 aa		0.15	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	AHC2	P25649	128 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	CSH1	P38287	376 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	RTC4	P53850	401 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	MPD1	Q12404	318 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	FMP49	A0A023PZB3	126 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	MAK31	P23059	88 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YIL102C	P40488	101 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	SBH2	P52871	88 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	GPI17	Q04080	534 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YMR030W-A	Q3E760	96 aa		0.14	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	BLM10	P43583	2143 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	RPS24A	P0CX31	135 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	RPS24B	P0CX32	135 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	CLG1	P35190	452 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	RFC2	P40348	353 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	TMA22	P47089	198 aa	Predicted RBP	0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	SHH4	Q06236	168 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	TAO3	P40468	2376 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YCR001W	P25347	104 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	HSP30	P25619	332 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YJR015W	P47090	510 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	KEI1	Q06346	221 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YDL241W	Q07738	123 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	CMC4	Q3E7A9	73 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YPR014C	Q6B0W2	109 aa		0.13	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	GCY1	P14065	312 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.12	□□□□□ -2.39	not detected
CUL3	YGR003W	NVJ1	P38881	321 aa		0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	HHY1	P39982	102 aa		0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	POG1	P40473	351 aa		0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	GLR1	P41921	483 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	TTI2	P47168	421 aa		0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YGL230C	P53074	147 aa		0.12	□□□□□ -2.39
CUL3	YGR003W	YKR005C	Q02203	525 aa		0.12	□□□□□ -2.39

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