RNA–Protein interactions for RNA: YNL223W

ATG4, Transcript of Conserved cysteine protease required for autophagy, yeast

Gene ATG4, Length 1,485 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG4	YNL223W	SHG1	P38337	142 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CAF16	P43569	289 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ADD37	Q03233	198 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YML108W	Q03759	105 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YDL242W	Q07746	117 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SOR2	Q07786	357 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YCL048W-A	Q2V2Q2	79 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YOS1	Q3E834	85 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TOR1	P35169	2470 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YBR292C	P38357	123 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PEX7	P39108	375 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YIL024C	P40543	189 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SMM1	P53720	384 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YNR064C	P53750	290 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	HCH1	P53834	153 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TMA23	Q03525	211 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	DCS1	Q06151	350 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YOR015W	Q12169	119 aa		4.91	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TDH1	P00360	332 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	URA5	P13298	226 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	APA2	P22108	325 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ALG14	P38242	237 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	FLO5	P38894	1075 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PSD1	P39006	500 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	DFG10	P40526	253 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	RPL9B	P51401	191 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SBH2	P52871	88 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YLR179C	Q06252	201 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	USV1	Q12132	391 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YDL009C	Q12210	107 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PCC1	Q3E833	88 aa		4.9	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	RPL43A	P0CX25	92 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RPL43B	P0CX26	92 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	ELO2	P25358	347 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	AHT1	P29589	182 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	GPI18	P38211	433 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	COX15	P40086	486 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YGR269W	P40326	108 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	GNP1	P48813	663 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	CRH1	P53301	507 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TIM10	P87108	93 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TMC1	Q08422	150 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YPS3	Q12303	508 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YGL258W-A	Q3E740	77 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	FCY2	P17064	533 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	CDC50	P25656	391 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	IES6	P32617	166 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	ATP3	P38077	311 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	NCA3	P46955	337 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YGL114W	P53134	725 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	DYN2	Q02647	92 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	POC4	Q12245	148 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RPS25B	P0C0T4	108 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	SPO13	P23624	291 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RIB5	P38145	238 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RTC3	P38804	111 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YIL012W	P40551	113 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	SNO1	Q03144	224 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	MIX17	Q03667	156 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YMR253C	Q04835	414 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	FRQ1	Q06389	190 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	ARR2	Q06597	130 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	IRC25	Q07951	179 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RAX2	Q12465	1220 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RPS25A	Q3E792	108 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	NOP1	P15646	327 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TCA17	P32613	152 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	PMU1	P36069	295 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RPL14A	P36105	138 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RPL14B	P38754	138 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	WSS1	P38838	269 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	POG1	P40473	351 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YIR020C	P40575	100 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	HXT14	P42833	540 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	SMD3	P43321	101 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	SUT1	P53032	299 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YPR071W	Q12346	211 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	HTB1	P02293	131 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	MRS3	P10566	314 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	QCR9	P22289	66 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	DAL3	P32459	195 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YBL059W	P34224	193 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	SHB17	P36136	271 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	YBR184W	P38299	523 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	NSA2	P40078	261 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	RIB4	P50861	169 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	PAU4	P53427	120 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	CAF40	P53829	373 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	STD1	Q02794	444 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	ARR3	Q06598	404 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	POM34	Q12445	299 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TRP4	P07285	380 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-LR4	P0C2I8	440 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-DR6	P0CX70	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-ER1	P0CX71	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-LR2	P0CX72	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-PL	P0CX73	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-JR1	P0CX74	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG4	YNL223W	TY1A-LR3	P0CX75	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 41.1 ms