RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	CILP	O75339	1184 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TUBB4A	P04350	444 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC175	P0C221	793 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF11	P52732	1056 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CDR2	Q01850	454 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SPA17	Q15506	151 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	REXO1L1P	Q8IX06	675 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TDH	Q8IZJ6	230 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	OLIG1	Q8TAK6	271 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	URGCP	Q8TCY9	931 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TOP1MT	Q969P6	601 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CASD1	Q96PB1	797 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ARID3A	Q99856	593 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	IL23A	Q9NPF7	189 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ADAMTS1	Q9UHI8	967 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	INTU	Q9ULD6	942 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PODXL	O00592	558 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	GABRD	O14764	452 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PPEF2	O14830	753 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SPTLC1	O15269	473 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PJA2	O43164	708 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	WEE2	P0C1S8	567 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TNNC1	P63316	161 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	13.62	□□□□□ -0.23	3e-10	■■□□□ 14.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MTF1	Q14872	753 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP1R2P3	Q6NXS1	205 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM270	Q6UE05	265 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TOGARAM2	Q6ZUX3	1019 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	COLGALT2	Q8IYK4	626 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CRYBG2	Q8N1P7	616 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	WHAMM	Q8TF30	809 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPL9	Q9BYD2	267 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SDCBP2	Q9H190	292 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LUC7L	Q9NQ29	371 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	NAGPA	Q9UK23	515 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A087X0T9	212 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529		M0QZQ0	153 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX3X	O00571	662 aa	Known RBP eCLIP	13.61	□□□□□ -0.23	3e-10	■■□□□ 11.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF263	O14978	683 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DGKI	O75912	1065 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	IPO7	O95373	1038 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	POMC	P01189	267 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP11A1	P05108	521 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM228B	P0C875	321 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CSF2RA	P15509	400 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CHRNB2	P17787	502 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TNFAIP3	P21580	790 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CLCNKB	P51801	687 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	RAD23B	P54727	409 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ARID5A	Q03989	594 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DEFB128	Q7Z7B8	93 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF169	Q8NCN4	708 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF606	Q8WXB4	792 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	BAD	Q92934	168 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM175	Q9BSA9	504 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ISCU	Q9H1K1	167 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DEF6	Q9H4E7	631 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHGC3	Q9UN70	934 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	POLI	Q9UNA4	740 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	REXO2	Q9Y3B8	237 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHA13	Q9Y5I0	950 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LTBP2	Q14767	1821 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	HUS1	O60921	280 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	DDHD2	O94830	711 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	AMH	P03971	560 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ALDH2	P05091	517 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT5	P13647	590 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	ANK1	P16157	1881 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	TYMP	P19971	482 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	USP8	P40818	1118 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LHX1	P48742	406 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	PDE6C	P51160	858 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-208	ENST00000469529	VAV2	P52735	878 aa		13.6	□□□□□ -0.23

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