RNA–Protein interactions for RNA: YLR132C

USB1, Transcript of Putative phosphodiesterase specific for U6 snRNA 3' end modification, yeast

Gene USB1, Length 873 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
USB1	YLR132C	TRX3	P25372	127 aa		2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YCR016W	P25617	290 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	UBC6	P33296	250 aa	Predicted RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	GDH2	P33327	1092 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.63	□□□□□ -1.99	not detected
USB1	YLR132C	YER034W	P40022	185 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YMR144W	P40214	342 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	LSM3	P57743	89 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YMR114C	Q04471	368 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	COQ10	Q08058	207 aa		2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	GEP5	Q12393	293 aa		2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	Q0144	Q9ZZW2	109 aa		2.63	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MGT1	P26188	188 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	PTM1	P32857	523 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	POP4	P38336	279 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	THO1	P40040	218 aa	Known RBP	2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	PRM10	P42946	383 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	GON7	P46984	123 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	PIR5	P46999	287 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	ALB1	P47019	175 aa	Predicted RBP	2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MIX17	Q03667	156 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MIX14	Q04341	121 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	AGC1	Q12482	902 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	NOT5	Q12514	560 aa	Predicted RBP	2.62	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SSU72	P53538	206 aa	Predicted RBP	2.61	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	IGO1	P53897	168 aa		2.61	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	NHP10	Q03435	203 aa		2.61	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RUD3	Q12234	484 aa	Known RBP	2.61	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	BPH1	P25356	2167 aa		2.61	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RPB4	P20433	221 aa	Predicted RBP	2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MRPL25	P23369	157 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MSN4	P33749	630 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	CUE1	P38428	203 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YHL037C	P38733	133 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	GOS1	P38736	223 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	DSK2	P48510	373 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MPA43	P53583	542 aa	Predicted RBP	2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YLR460C	P54007	376 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RNH1	Q04740	348 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SEI1	Q06058	285 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	MHT1	Q12525	324 aa		2.6	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	CCW14	O13547	238 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SPT3	P06844	337 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	GPA2	P10823	449 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	DPM1	P14020	267 aa	Known RBP	2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RCN1	P36054	211 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	COS8	P38723	381 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SOK1	P40317	901 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YIL001W	P40560	513 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YRB1	P41920	201 aa	Known RBP	2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	OST2	P46964	130 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	APS3	P47064	194 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YJL016W	P47072	561 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YLR283W	Q05867	314 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	YPR172W	Q06608	200 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RDS3	Q06835	107 aa	Predicted RBP	2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	SAS5	Q99314	248 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USB1	YLR132C	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	CMD1	P06787	147 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YHR214C-D	P0CX93	97 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	CBF1	P17106	351 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	SEC22	P22214	214 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	HSP150	P32478	413 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	CLB6	P32943	380 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	FES1	P38260	290 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	PRS3	P38689	320 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	COG3	P40094	801 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YFL051C	P43552	160 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	RPL22B	P56628	122 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	CTF19	Q02732	369 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	PEX12	Q04370	399 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	DCR2	Q05924	578 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YLR179C	Q06252	201 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YOR186W	Q08560	144 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YOR268C	Q08734	132 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	BBP1	Q12365	385 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YMR030W-A	Q3E760	96 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YCL012C	Q8J0M4	134 aa		2.58	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	VPS51	P36116	164 aa		2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YBR096W	P38256	230 aa		2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	ILM1	P47155	203 aa		2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	CSN9	Q03981	162 aa		2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	FAR8	Q05040	523 aa		2.57	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	ADH3	P07246	375 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	GCY1	P14065	312 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.56	□□□□□ -2	not detected
USB1	YLR132C	YCR090C	P25654	182 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	VPS21	P36017	210 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	AST2	P39945	430 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YER085C	P40058	173 aa		2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	RMR1	P53060	241 aa		2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	EFM5	P53200	248 aa	Known RBP	2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	YNL140C	P53910	189 aa		2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	MSA1	Q08471	629 aa		2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	PSF1	Q12488	208 aa		2.56	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	DBF2	P22204	572 aa		2.55	□□□□□ -2
USB1	YLR132C	EHD3	P28817	500 aa		2.55	□□□□□ -2

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