RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	13.44	□□□□□ -0.26	7e-6	■■■■■ 74.5
ABCD4-223	ENST00000555904	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DSE	Q9UL01	958 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ANK1	P16157	1881 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPRS	Q13332	1948 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904		A0A1W2PQC6	194 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	RFX1	P22670	979 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TBXAS1	P24557	533 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PON1	P27169	355 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	BMPR1A	P36894	532 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PBX2	P40425	430 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LRMP	Q12912	555 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NR1I3	Q14994	352 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FUT10	Q6P4F1	479 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	METTL23	Q86XA0	190 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC39A11	Q8N1S5	342 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	C3orf58	Q8NDZ4	430 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	APPL2	Q8NEU8	664 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NEK11	Q8NG66	645 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CXorf38	Q8TB03	319 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SEMA4D	Q92854	862 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TIFA	Q96CG3	184 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	IGSF21	Q96ID5	467 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FAXDC2	Q96IV6	333 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	APEX2	Q9UBZ4	518 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PDCD11	Q14690	1871 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CYB561D2	O14569	222 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FGF18	O76093	207 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	RB1	P06400	928 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC9A1	P19634	815 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MRE11	P49959	708 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MFAP3	P55082	362 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ENOSF1	Q7L5Y1	443 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM130	Q8N3G9	435 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TTC39C	Q8N584	583 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SUSD3	Q96L08	255 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SENP8	Q96LD8	212 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	MARCH5	Q9NX47	278 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904		F8W810	466 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SYN3	O14994	580 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SPTLC1	O15269	473 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TEX33	O43247	280 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ITGB1	P05556	798 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TPM1	P09493	284 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	BRCC3	P46736	316 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	GCNT1	Q02742	428 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TAP1	Q03518	808 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CUL2	Q13617	745 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	USP41	Q3LFD5	358 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PDXDC1	Q6P996	788 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DPH6	Q7L8W6	267 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CACNA2D4	Q7Z3S7	1137 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM173	Q86WV6	379 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CEP57	Q86XR8	500 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	KLHL23	Q8NBE8	558 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	LMO3	Q8TAP4	145 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	IQCD	Q96DY2	449 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	SNX25	Q9H3E2	840 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM124B	Q9H5Z6	455 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	FSD2	A1L4K1	749 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904		I3L4J1	428 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904		M0QZQ0	153 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-223	ENST00000555904	UROD	P06132	367 aa		13.4	□□□□□ -0.26

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.6 ms