RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	SERPING1	P05155	500 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	FER	P16591	822 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	ATF7	P17544	494 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	AKAP5	P24588	427 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL9	P32969	192 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	SOX5	P35711	763 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	APBA1	Q02410	837 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	NAB2	Q15742	525 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	TTC39C	Q8N584	583 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF12	Q96FN5	646 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	KREMEN1	Q96MU8	473 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	SPAG5	Q96R06	1193 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM161A	Q9NX61	479 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIOBP	Q9H2D6	2365 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529		F8VZ95	297 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PTGES	O14684	152 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	LCA5L	O95447	670 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PNPLA4	P41247	253 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PIK3CA	P42336	1068 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MAGEA10	P43363	369 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MYL6	P60660	151 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA8F	Q08AF8	430 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA8DP	Q0D2H9	430 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CUL2	Q13617	745 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ASTE1	Q2TB18	679 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	LIMS2	Q7Z4I7	341 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGEF19	Q8IW93	802 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	UBR7	Q8N806	425 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC01599	Q8WXQ3	324 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GDF15	Q99988	308 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	NUB1	Q9Y5A7	615 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	EPN1	Q9Y6I3	576 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PPC1	479 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ARL5C	A6NH57	179 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	OFD1	O75665	1012 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	TH	P07101	528 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PFKM	P08237	780 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ACO1	P21399	889 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	BPIFB4	P59827	614 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MYO1E	Q12965	1108 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	C9orf57	Q5W0N0	161 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MFSD5	Q6N075	450 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GJB7	Q6PEY0	223 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	DPH6	Q7L8W6	267 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	VWCE	Q96DN2	955 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	SYT11	Q9BT88	431 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	BCO2	Q9BYV7	579 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CXCL16	Q9H2A7	254 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	RSAD1	Q9HA92	442 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP20	Q9P2F6	1191 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	AJAP1	Q9UKB5	411 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	AGAP1	Q9UPQ3	857 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF3CL	B5ME19	914 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXA2	O43364	376 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	EFCAB14	O75071	495 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ITGB3	P05106	788 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	P4HA1	P13674	534 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CYP2C18	P33260	490 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	BMP8B	P34820	402 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	RAPGEF1	Q13905	1077 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ASIC2	Q16515	512 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF699	Q32M78	642 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF667	Q5HYK9	610 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	E4F1	Q66K89	784 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF662	Q6ZS27	426 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	HPDL	Q96IR7	371 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM84A	Q96KN4	292 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	UROC1	Q96N76	676 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	GAD1	Q99259	594 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF3C	Q99613	913 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CHP1	Q99653	195 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	NHEJ1	Q9H9Q4	299 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MIOS	Q9NXC5	875 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	MEIS3P2	A8K0S8	358 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
TRAF4-208	ENST00000469529	CLCN1	P35523	988 aa		13.67	□□□□□ -0.22

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