RNA–Protein interactions for RNA: YKR036C

CAF4, Transcript of WD40 repeat-containing protein associated with the CCR4-NOT complex, yeast

Gene CAF4, Length 1,932 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CAF4	YKR036C	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DBF4	P32325	704 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	PPQ1	P32945	549 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	TEF4	P36008	412 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YHI9	P38765	294 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	BRE2	P43132	505 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	FAR3	P46671	204 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YJR098C	P47139	656 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	GET1	P53192	235 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	TWF1	P53250	332 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SNF12	P53628	566 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MRPL50	P53724	139 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	TEP1	P53916	434 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MRPL13	Q02204	264 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RRN11	Q04712	507 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	FAR10	Q06001	478 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YLL032C	Q07834	825 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.86	□□□□□ -1.63	RIP-Chip
CAF4	YKR036C	AVO1	Q08236	1176 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MED1	Q12321	566 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ATG31	Q12421	196 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	STB3	Q12427	513 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	UBR2	Q07963	1872 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	TPK3	P05986	398 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DIT1	P21623	536 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	KIN3	P22209	435 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	HXT2	P23585	541 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	KIN82	P25341	720 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SSE2	P32590	693 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RRN3	P36070	627 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RIM4	P38741	713 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	FIG4	P42837	879 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	CIT3	P43635	486 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RTT101	P47050	842 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	NAS6	P50086	228 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	GUP1	P53154	560 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DSE4	P53753	1117 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DID2	P69771	204 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RSC4	Q02206	625 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RSN1	Q03516	953 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SKY1	Q03656	742 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RVB1	Q03940	463 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SND1	Q04007	877 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RRP17	Q04031	235 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YDR222W	Q04925	415 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	REH1	Q06709	432 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YDL057W	Q07379	328 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DAP1	Q12091	152 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ATP6	P00854	259 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	COX4	P04037	155 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ADE5,7	P07244	802 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	GAL3	P13045	520 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	GRX2	P17695	143 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	PMA2	P19657	947 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	KGD1	P20967	1014 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DBF2	P22204	572 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SPB1	P25582	841 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DAL1	P32375	460 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ARA1	P38115	344 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SUL1	P38359	859 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YHR045W	P38775	560 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YEL025C	P39991	1188 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	JLP2	P40206	208 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	VPS70	P47161	811 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	COS5	P47187	383 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	PEF1	P53238	335 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	BSC5	P53755	489 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	HXT15	P54854	567 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SLT2	Q00772	484 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	UFO1	Q04511	668 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RQC1	Q05468	723 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	COS7	Q07788	383 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YPL191C	Q08930	360 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	THI21	Q08975	551 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YPL277C	Q08989	487 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RAD59	Q12223	238 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ATG34	Q12292	412 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MYO1	P08964	1928 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SPS1	P08458	490 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	HO	P09932	586 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ATP12	P22135	325 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	CHA1	P25379	360 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MSS51	P32335	436 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	RPT1	P33299	467 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	SAS3	P34218	831 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	VPS51	P36116	164 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MRPL17	P36528	281 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	ECM13	P38195	257 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	LEU5	P38702	357 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YHR078W	P38799	552 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	FMP10	P40098	244 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	PEP8	P40335	379 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YFR018C	P43599	363 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	YPT32	P51996	222 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	MAL11	P53048	616 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	PFA5	Q03289	374 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	NSE5	Q03718	556 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAF4	YKR036C	CDC73	Q06697	393 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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