RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	GNRH1	P01148	92 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	MX1	P20591	662 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	JAG1	P78504	1218 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	C19orf81	C9J6K1	198 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	HMGCS2	P54868	508 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	BACE1	P56817	501 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PNMA3	Q9UL41	463 aa		27.68	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PRKAB2	O43741	272 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	GH2	P01242	217 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	CHGB	P05060	677 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	CABP5	Q9NP86	173 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L10	C9JJH3	530 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	CAP1	Q01518	475 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	GABPA	Q06546	454 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	TREML2	Q5T2D2	321 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	BCR	P11274	1271 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SHMT1	P34896	483 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	MTMR2	Q13614	643 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	APPBP2	Q92624	585 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	PTPRF	P10586	1907 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	OSBP	P22059	807 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	RGS19	P49795	217 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	27.64	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SWAP70	Q9UH65	585 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH7	P12883	1935 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	PSMC4	P43686	418 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	PRMT2	P55345	433 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	HOXD10	P28358	340 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	STAP2	Q9UGK3	403 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L12	C9JPN9	530 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L21	D6R901	530 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP2D6	P10635	497 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	C12orf60	Q5U649	245 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	SMC5	Q8IY18	1101 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	OSBP2	Q969R2	916 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	FSD1	Q9BTV5	496 aa		27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	27.6	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	27.6	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	GNAT2	P19087	354 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	USP14	P54578	494 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE1A	P54750	535 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	FCGRT	P55899	365 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	EVX2	Q03828	476 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM47	Q96LD4	638 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	27.59	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	SOX10	P56693	466 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	CTR9	Q6PD62	1173 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF11	Q86T75	865 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	DYNLL2	Q96FJ2	89 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	FEZ1	Q99689	392 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPN4-208	ENST00000460289	GPAA1	O43292	621 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	IGHD	P01880	384 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	CTGF	P29279	349 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	ARMC5	Q96C12	935 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	SRRD	Q9UH36	339 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	EVI5L	Q96CN4	794 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPN4-208	ENST00000460289	C12orf42	Q96LP6	360 aa		27.56	■■■□□ 2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 68.7 ms