RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		6.97	□□□□□ -1.29
PMS1-222	ENST00000639501	MT1L	Q93083	61 aa		6.93	□□□□□ -1.3
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		6.89	□□□□□ -1.31
PMS1-222	ENST00000639501	MT1E	P04732	61 aa		6.86	□□□□□ -1.31
PMS1-222	ENST00000639501	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	6.86	□□□□□ -1.31
PMS1-222	ENST00000639501	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
PMS1-222	ENST00000639501	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		6.73	□□□□□ -1.33
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		6.72	□□□□□ -1.33
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		6.67	□□□□□ -1.34
PMS1-222	ENST00000639501	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		6.59	□□□□□ -1.35
PMS1-222	ENST00000639501	MT1G	P13640	62 aa		6.56	□□□□□ -1.36
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP12-4	P60329	112 aa		6.5	□□□□□ -1.37
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	6.47	□□□□□ -1.37
PMS1-222	ENST00000639501	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		6.43	□□□□□ -1.38
PMS1-222	ENST00000639501	MDN1	Q9NU22	5596 aa		6.4	□□□□□ -1.39
PMS1-222	ENST00000639501	MT1M	Q8N339	61 aa		6.38	□□□□□ -1.39
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-9	P26371	169 aa		6.31	□□□□□ -1.4
PMS1-222	ENST00000639501	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	6.29	□□□□□ -1.4
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		6.29	□□□□□ -1.4
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		6.22	□□□□□ -1.41
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		6.22	□□□□□ -1.41
PMS1-222	ENST00000639501	LCE3B	Q5TA77	95 aa		6.2	□□□□□ -1.42
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		6.16	□□□□□ -1.42
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		6.12	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		6.11	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	SPRR2E	P22531	72 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	SPRR2B	P35325	72 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	SPRR2A	P35326	72 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	6.09	□□□□□ -1.43
PMS1-222	ENST00000639501	MT1A	P04731	61 aa		5.93	□□□□□ -1.46
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		5.93	□□□□□ -1.46
PMS1-222	ENST00000639501	NEB	P20929	6669 aa		5.91	□□□□□ -1.46
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
PMS1-222	ENST00000639501	SPRR2D	P22532	72 aa		5.87	□□□□□ -1.47
PMS1-222	ENST00000639501	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		5.86	□□□□□ -1.47
PMS1-222	ENST00000639501	PRM1	P04553	51 aa		5.84	□□□□□ -1.47
PMS1-222	ENST00000639501	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		5.81	□□□□□ -1.48
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		5.54	□□□□□ -1.52
PMS1-222	ENST00000639501	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		5.46	□□□□□ -1.54
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		5.41	□□□□□ -1.54
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		5.37	□□□□□ -1.55
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		5.34	□□□□□ -1.56
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		5.24	□□□□□ -1.57
PMS1-222	ENST00000639501	MT4	P47944	62 aa		5.21	□□□□□ -1.58
PMS1-222	ENST00000639501	LCE4A	Q5TA78	99 aa		5.14	□□□□□ -1.59
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		5.13	□□□□□ -1.59
PMS1-222	ENST00000639501	MT3	P25713	68 aa		5.1	□□□□□ -1.59
PMS1-222	ENST00000639501	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		5.08	□□□□□ -1.6
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1D	Q5T752	114 aa		5.06	□□□□□ -1.6
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PMS1-222	ENST00000639501	MUC5AC	P98088	5654 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PMS1-222	ENST00000639501	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		4.47	□□□□□ -1.69
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		4.41	□□□□□ -1.7
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		4.17	□□□□□ -1.74
PMS1-222	ENST00000639501	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.15	□□□□□ -1.75
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-8	O75690	187 aa		4.14	□□□□□ -1.75
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		4.14	□□□□□ -1.75
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		3.95	□□□□□ -1.78
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.93	□□□□□ -1.78
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.93	□□□□□ -1.78
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		3.79	□□□□□ -1.8
PMS1-222	ENST00000639501	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.78	□□□□□ -1.8
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.78	□□□□□ -1.8
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		3.68	□□□□□ -1.82
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.67	□□□□□ -1.82
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.67	□□□□□ -1.82
PMS1-222	ENST00000639501	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		3.61	□□□□□ -1.83
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PMS1-222	ENST00000639501	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3.46	□□□□□ -1.85
PMS1-222	ENST00000639501	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
PMS1-222	ENST00000639501	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.35	□□□□□ -1.87
PMS1-222	ENST00000639501	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.99	□□□□□ -1.93
PMS1-222	ENST00000639501	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		2.04	□□□□□ -2.08

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