RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	CDK2AP2	O75956	126 aa		10.83	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	REG3G	Q6UW15	175 aa		10.83	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	HIST1H4A	P62805	103 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	CCDC179	H3BU77	68 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107		Q6ZVQ6	151 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	SCX	Q7RTU7	201 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107		A0A087WVE0	104 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	ST20-AS1	Q8NBB2	130 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	CIRBP-AS1	Q8TBR5	109 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	ERC2-IT1	O76042	136 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	UBE2B	P63146	152 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	DPH3	Q96FX2	82 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	FAT1	Q14517	4588 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV5-48	A0A075B6I7	105 aa		10.77	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		10.76	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	HERC2	O95714	4834 aa		10.76	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	ATOX1	O00244	68 aa		10.73	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	10.73	□□□□□ -0.69
CLN3-256	ENST00000637107	PRLH	P81277	87 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	CXCL6	P80162	114 aa		10.69	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		10.68	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	SMIM29	Q86T20	159 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	C1orf137	Q5JT78	98 aa		10.66	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107		A0A1W2PNM2	257 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	EPM2A	B3EWF7	344 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	COX7C	P15954	63 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CLN3-256	ENST00000637107	UQCRQ	O14949	82 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		Q8N1X5	172 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	NREP	Q16612	68 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		H0Y9J4	135 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		A0A1B0GW54	56 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		Q8NBF4	154 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		Q5VSD8	79 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	SERP2	Q8N6R1	65 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107		F8WEM9	126 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-256	ENST00000637107	FAM229A	H3BQW9	127 aa		10.58	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR4	Q96PI1	79 aa		10.58	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	UBE2A	P49459	152 aa		10.58	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	SRRM2	Q9UQ35	2752 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	BCE1	O60756	84 aa		10.56	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		10.56	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		10.56	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		10.56	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR1B	P22528	89 aa		10.55	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	BPY2	O14599	106 aa		10.54	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP10-4	P60372	401 aa	Predicted RBP	10.54	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	10.54	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	IGFL1	Q6UW32	110 aa		10.54	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	CRYGA	P11844	174 aa		10.53	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		10.53	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107		A0A0G2JQZ4	141 aa		10.52	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	IGKV4-1	P06312	121 aa		10.52	□□□□□ -0.72
CLN3-256	ENST00000637107	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	10.52	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107		Q8N9L7	120 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		10.5	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		10.49	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		10.47	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107	SMIM20	Q8N5G0	67 aa		10.46	□□□□□ -0.73
CLN3-256	ENST00000637107	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CLN3-256	ENST00000637107	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		10.43	□□□□□ -0.74
CLN3-256	ENST00000637107	DSCR10	P59022	87 aa		10.41	□□□□□ -0.74
CLN3-256	ENST00000637107		A0A087WSZ3	146 aa		10.41	□□□□□ -0.74
CLN3-256	ENST00000637107	MYCBP2	O75592	4640 aa		10.4	□□□□□ -0.74
CLN3-256	ENST00000637107	FLG2	Q5D862	2391 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV7-43	P04211	117 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	C20orf197	Q8N268	126 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00483	Q53H64	154 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107		K7EQZ3	153 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF861P	O60384	105 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	DEFB116	Q30KQ4	102 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	OCR1	Q9BZK8	76 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM258	P61165	79 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	KLKP1	Q107X0	134 aa		10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-256	ENST00000637107	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		10.27	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	SNURF	Q9Y675	71 aa		10.27	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	HCG22	E2RYF7	251 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107		H7BZZ5	65 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	MOBP	Q13875	183 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	TMEM254	Q8TBM7	123 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLN3-256	ENST00000637107	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CLN3-256	ENST00000637107		A8MWP4	228 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CLN3-256	ENST00000637107	PRR15	Q8IV56	129 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CLN3-256	ENST00000637107		A0A0U1RQV1	116 aa		10.19	□□□□□ -0.78

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