RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 CXCL6P80162 114 aa8.74□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 TM2D3Q9BRN9 247 aa8.74□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 NDUFC2-KCTD14E9PQ53 114 aa8.73□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 KPRPQ5T749 579 aaPredicted RBP8.73□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 TENM3Q9P273 2699 aa8.73□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 C15orf56Q8N910 161 aa8.72□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 M0R378 163 aa8.72□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 EGFEM1PQ0D2K5 195 aa8.72□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 H3BQ85 93 aa8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 H3BS24 57 aa8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP26-1Q6PEX3 210 aa8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZRP5 223 aa8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 FP248Q71RG6 208 aaPredicted RBP8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 LINC00528Q8N1L1 170 aa8.71□□□□□ -1.01
CLN3-210ENST00000563874 MRPL55Q7Z7F7 128 aaKnown RBP8.71□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 DEFB105AQ8NG35 78 aa8.71□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZTC4 211 aa8.7□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 F8WEM9 126 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 C3orf84H3BNL1 204 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 KLKP1Q107X0 134 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 SERP1Q9Y6X1 66 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 IGKV2D-24A0A075B6R9 120 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 SMIM26A0A096LP01 95 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 TRBV7-6A0A0J9YX20 115 aa8.69□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 BCE1O60756 84 aa8.68□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 ESRGQ1W209 222 aa8.67□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 LINC00474Q9P2X8 69 aa8.67□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 BPY2O14599 106 aa8.66□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 OXLD1Q5BKU9 147 aa8.66□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 NREPQ16612 68 aa8.65□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 SERTAD4-AS1Q5TG53 156 aa8.65□□□□□ -1.02
CLN3-210ENST00000563874 ANK2Q01484 3957 aa8.64□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 F8P00451 2351 aa8.64□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 NKAPP1Q8N9T2 125 aa8.64□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 SYCNQ0VAF6 134 aa8.63□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 RPL37AP8A6NKH3 93 aa8.62□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 EPM2AB3EWF7 344 aa8.62□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 IGKV4-1P06312 121 aa8.62□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 C7orf33Q8WU49 177 aa8.62□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 Q8N377 158 aa8.61□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 NOTCH1P46531 2555 aa8.61□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 TMEM254Q8TBM7 123 aa8.61□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP21-3Q3LHN1 58 aa8.6□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 FAM168BA1KXE4 195 aa8.6□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 MPLKIPQ8TAP9 179 aa8.6□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 STAB1Q9NY15 2570 aa8.6□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP10-11P60412 298 aa8.6□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 H3BNG1 76 aa8.59□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 KCNQ1DNQ9H478 68 aa8.59□□□□□ -1.03
CLN3-210ENST00000563874 DEFB131BA0A096LNP1 70 aa8.57□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 LINC01556Q5JQF7 62 aa8.57□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 ST20-AS1Q8NBB2 130 aa8.57□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 RBM12B-AS1Q9P1G2 102 aa8.56□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 CASC10Q5T4H9 136 aa8.56□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 Q9BRP9 147 aa8.56□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 OCR1Q9BZK8 76 aa8.55□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 FBN1P35555 2871 aaKnown RBP8.55□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 NDUFC1O43677 76 aa8.55□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 IGLV5-48A0A075B6I7 105 aa8.54□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 A0A1W2PNM2 257 aa8.54□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZRX8 168 aa8.54□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 PRR15Q8IV56 129 aa8.54□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 HIGD2AQ9BW72 106 aa8.54□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 FUSP35637 526 aaKnown RBP eCLIP8.53□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 ETDCA0A1B0GVM5 59 aa8.52□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 FAM30AQ9NZY2 134 aa8.52□□□□□ -1.04
CLN3-210ENST00000563874 C1orf137Q5JT78 98 aa8.52□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 SMIM29Q86T20 159 aa8.52□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 PRYO14603 147 aa8.51□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 ERC2-IT1O76042 136 aa8.51□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP7-1Q8IUC3 87 aa8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 DHRS4-AS1Q9P1J3 65 aa8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 IGLV1-50A0A075B6I6 118 aa8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 A0A0G2JQZ4 141 aa8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 A0A1W2PNN7 141 aa8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP4-16G5E9R7 235 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 FAM229BQ4G0N7 80 aa8.49□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 DNAH10OSP0CZ25 163 aa8.48□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 UBE2BP63146 152 aa8.48□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 COL6A5A8TX70 2615 aa8.48□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 TNP2Q05952 138 aa8.47□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 Q8NBF4 154 aa8.47□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 LINC00588Q9Y4M8 146 aa8.46□□□□□ -1.05
CLN3-210ENST00000563874 TLX1NBP0CAT3 122 aa8.46□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 ATP5EP56381 51 aaPredicted RBP8.46□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa8.46□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 SPRR1AP35321 89 aa8.45□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 K7EQZ3 153 aa8.45□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 PRB2P02812 416 aaPredicted RBP8.44□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 DSCR10P59022 87 aa8.44□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 PLA2G2DQ9UNK4 145 aa8.44□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 DEFB116Q30KQ4 102 aa8.43□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 SRRM2Q9UQ35 2752 aaKnown RBP8.42□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 IGLV5-37A0A075B6J1 123 aa8.41□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 PRR26Q8N8Z3 221 aa8.41□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 SPRR4Q96PI1 79 aa8.4□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 LRCOL1A6NCL2 159 aa8.4□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 LINC00476Q8WZB0 136 aa8.4□□□□□ -1.06
CLN3-210ENST00000563874 IGKV2-24A0A0C4DH68 120 aa8.39□□□□□ -1.07
CLN3-210ENST00000563874 PRLHP81277 87 aa8.39□□□□□ -1.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 70.3 ms