RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477334.1

RBM39-231, Transcript of RNA binding motif protein 39, human

TSL 2

Gene RBM39, Length 949 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RBM39-231	ENST00000477334	SIX6	O95475	246 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	RBP2	P50120	134 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	EDDM3B	P56851	147 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	UBE2L3	P68036	154 aa	Known RBP	1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	C10orf128	Q5T292	105 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	COMMD6	Q7Z4G1	85 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	C14orf144	Q96I85	54 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	SCP2D1	Q9UJQ7	156 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	LINC00312	Q9Y6C7	94 aa		1.09	□□□□□ -2.23
RBM39-231	ENST00000477334	CELSR3	Q9NYQ7	3312 aa		1.09	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	MYO18B	Q8IUG5	2567 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	BRCA2	P51587	3418 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	LRRC37A3	O60309	1634 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	REV3L	O60673	3130 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	LY6G6C	O95867	125 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	HSD52	Q0P140	79 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PLAC4	Q8WY50	150 aa		1.08	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SNRNP200	O75643	2136 aa	Known RBP	1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ASPM	Q8IZT6	3477 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SPINK8	P0C7L1	97 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334		Q8N6K4	173 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	CYP4F30P	Q9H0H9	118 aa		1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	1.07	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	HTT	P42858	3142 aa		1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	DCD	P81605	110 aa	Known RBP	1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ZDBF2	Q9HCK1	2354 aa		1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		1.06	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PXDN	Q92626	1479 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	CNTRL	Q7Z7A1	2325 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PPP1R17	O96001	155 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	S100A8	P05109	93 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ACYP2	P14621	99 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ZNF137P	P52743	207 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	C6orf52	Q5T4I8	152 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		1.05	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SPEG	Q15772	3267 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	C2CD3	Q4AC94	2353 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	FAM208B	Q5VWN6	2430 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334		A0A087WTM6	91 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SNCA	P37840	140 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	S100A10	P60903	97 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	RPL37	P61927	97 aa	Known RBP	1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	GNG11	P61952	73 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ACBD7	Q8N6N7	88 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334		R4GMQ9	66 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	NCOA6	Q14686	2063 aa	Predicted RBP	1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	USP34	Q70CQ2	3546 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	KIAA0556	O60303	1618 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	TTC28	Q96AY4	2481 aa		1.04	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	MED12	Q93074	2177 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	KIAA0100	Q14667	2235 aa	Known RBP	1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	TRAV1-2	A0A0B4J238	106 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	NAP1L6	A6NFF2	107 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334		K7EIL1	84 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SPINK9	Q5DT21	86 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	UNQ5830/PRO19650/PRO19816	Q6UY13	95 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	MGST2	Q99735	147 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	UQCR10	Q9UDW1	63 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	AP4S1	Q9Y587	144 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334		V9GYH0	126 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	NWD1	Q149M9	1564 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	DIP2B	Q9P265	1576 aa		1.03	□□□□□ -2.24
RBM39-231	ENST00000477334	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		1.03	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	ROS1	P08922	2347 aa		1.03	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	JMJD1C	Q15652	2540 aa		1.03	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	TMEM262	E9PQX1	116 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334		H3BQ15	152 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	FBN2	P35556	2912 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	NOTCH1	P46531	2555 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	LRRK2	Q5S007	2527 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	BAGE3	Q86Y29	109 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		1.02	□□□□□ -2.25
RBM39-231	ENST00000477334	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		1.02	□□□□□ -2.25

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