RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000306324.3

HOXD4-201, Transcript of homeobox D4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD4, Length 1,464 nt, Biotype protein coding.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4-201ENST00000306324 PNRC1Q12796 327 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
HOXD4-201ENST00000306324 PGLYRP4Q96LB8 373 aa15.59■□□□□ 0.09
HOXD4-201ENST00000306324 MSRB1Q9NZV6 116 aa15.59■□□□□ 0.09
HOXD4-201ENST00000306324 SACSQ9NZJ4 4579 aa15.58■□□□□ 0.09
HOXD4-201ENST00000306324 CRYGDP07320 174 aa15.58■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 NTF3P20783 257 aa15.58■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 UFSP1Q6NVU6 142 aa15.58■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 SLC25A29Q8N8R3 303 aa15.58■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 AP1S3Q96PC3 154 aa15.58■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 LY6G6CO95867 125 aa15.57■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 C14orf178Q8N769 122 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 LINC00476Q8WZB0 136 aa15.57■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 GFRA4Q9GZZ7 299 aa15.57■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 VPS13DQ5THJ4 4388 aa15.56■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 HIGD1CA8MV81 97 aa15.56■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 TWIST1Q15672 202 aa15.56■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 ICOSQ9Y6W8 199 aa15.56■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 TRBV6-4A0A1B0GX49 114 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 SMIM17P0DL12 118 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 GYPEP15421 78 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 WDR73Q6P4I2 378 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 Q6ZSN1 163 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 SEC11CQ9BY50 192 aa15.55■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 A0A096LPF7 62 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 LCE6AA0A183 80 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 FAM231BA6NCW3 169 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 FOXA3P55318 350 aaPredicted RBP15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 RHOHQ15669 191 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 LGALS9CQ6DKI2 356 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 BORCS7Q96B45 105 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 PRADC1Q9BSG0 188 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 CNFNQ9BYD5 112 aa15.54■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 LOC100131303A0A0U1RQF7 123 aa15.53■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 P0DMU3 169 aa15.53■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 FAM231AP0DMU4 169 aa15.53■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 FAM231CP0DMU5 169 aa15.53■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 ZNF56Q15929 161 aa15.53■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 K7EQD1 137 aa15.52■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 TRGC1P0CF51 173 aa15.52■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 MRPL23Q16540 153 aaKnown RBP15.52■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 RNF212Q495C1 297 aa15.52■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 UBE2DNLQ8IWF7 75 aa15.52■□□□□ 0.08
HOXD4-201ENST00000306324 F5H697 171 aa15.52■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 PPP1R2P9O14990 202 aa15.52■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 EVI2AP22794 236 aa15.52■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 NAT8BQ9UHF3 227 aa15.52■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 HYDINQ4G0P3 5121 aa15.51■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 MT-ND4LP03901 98 aa15.51■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 SRIP30626 198 aa15.51■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 NUP35Q8NFH5 326 aa15.51■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 KIF25-AS1Q9Y6Z4 181 aa15.51■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 A0A1B0GUT8 65 aa15.5■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 SMIM27A0A1W2PRY6 76 aa15.5■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 MGPP08493 103 aa15.5■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 CCL18P55774 89 aa15.49■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 RAB4BP61018 213 aa15.49■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 ANAPC16Q96DE5 110 aa15.49■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 DPH3P1Q9H4G8 78 aa15.48■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 LINC00315P59091 139 aa15.47■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 SMIM15Q7Z3B0 74 aa15.47■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 NEGR1Q7Z3B1 354 aa15.47■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 Q9UF83 564 aa15.47■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 ESRGQ1W209 222 aa15.46■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 C10orf91Q5T1B1 145 aa15.46■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 RYR2Q92736 4967 aa15.46■□□□□ 0.07
HOXD4-201ENST00000306324 GAGE12JA6NER3 117 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 GAGE1Q13065 139 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 GAGE4Q13068 117 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 GAGE5Q13069 117 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 RIGQ13278 110 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 GAGE13Q4V321 117 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 CARHSP1Q9Y2V2 147 aaKnown RBP15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 LINC00588Q9Y4M8 146 aa15.46■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 SH2D6Q7Z4S9 175 aa15.44■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 TRBV10-1A0A0K0K1A3 114 aa15.43■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 SUMO4Q6EEV6 95 aa15.43■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 LYPD5Q6UWN5 251 aa15.42■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 SLC7A5P1Q8MH63 180 aa15.42■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 ZNRF2Q8NHG8 242 aa15.42■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 KMT2AQ03164 3969 aa15.42■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 RYR3Q15413 4870 aa15.41■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 FAM3BP58499 235 aaPredicted RBP15.41■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 RPL36AP83881 106 aaKnown RBP15.41■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 ATP6V0E2Q8NHE4 81 aa15.41■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 RPL36ALQ969Q0 106 aaKnown RBP15.41■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 H7C1H1 209 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 APOC3P02656 99 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 CAMPP49913 170 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 NDUFA5Q16718 116 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 MRPL54Q6P161 138 aaKnown RBP15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 NEXN-AS1Q8NBZ9 246 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 CTDSP1Q9GZU7 261 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 TMEM191AQ9H0A3 160 aa15.4■□□□□ 0.06
HOXD4-201ENST00000306324 DNAH6Q9C0G6 4158 aa15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 TRBV7-3A0A075B6L6 115 aa15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 M0QY20 66 aa15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 LINC00694P0DN24 101 aa15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 CLRN3Q8NCR9 226 aa15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 MRPS16Q9Y3D3 137 aaKnown RBP15.39■□□□□ 0.05
HOXD4-201ENST00000306324 TRAV26-2A0A0B4J265 109 aa15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 90.5 ms