RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL23	Q16540	153 aa	Known RBP	8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM74A1	Q5RGS3	127 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	CMTM2	Q8TAZ6	248 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB24	Q969Q5	203 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3BGRL3	Q9H299	93 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	NAGK	Q9UJ70	344 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TRGV4	A0A0C4DH28	118 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF222	A6NCQ9	220 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R2P5	195 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TCRA	P04437	139 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	GYPE	P15421	78 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SGK494	Q96LW2	274 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TREM1	Q9NP99	234 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC4	Q99102	2169 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC100131303	A0A0U1RQF7	123 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SERTM2	A0A1B0GWG4	89 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464		G3V3Q6	166 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	GIP	P09681	153 aa	Predicted RBP	8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF726P1	Q15940	193 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	DPPA3	Q6W0C5	159 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	WFDC10B	Q8IUB3	73 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf17	Q8NAS9	161 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	MED28	Q9H204	178 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	ORM1	P02763	201 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	GATA1	P15976	413 aa	Predicted RBP	8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SRI	P30626	198 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SERF2	P84101	59 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SDF2L1	Q9HCN8	221 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAH10OS	P0CZ25	163 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL7L1	Q6DKI1	246 aa	Known RBP	8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM75	Q8N9X5	138 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4C5	Q8NGB2	326 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	ASB13	Q8WXK3	278 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNS1	Q96KK3	526 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	C9orf85	Q96MD7	179 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	EPDR1	Q9UM22	224 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFSF18	Q9UNG2	199 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	PSG8	Q9UQ74	426 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	FAT1	Q14517	4588 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464		C9JCJ5	164 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	CXorf1	O96002	111 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	MB	P02144	154 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	FUS	P35637	526 aa	Known RBP eCLIP	8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TIRAP	P58753	221 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	SUMO1	P63165	101 aa	Known RBP	8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	FLI1	Q01543	452 aa	Predicted RBP	8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464		Q8N1X5	172 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM167B	Q9NRX6	74 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	LY96	Q9Y6Y9	160 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PTPRF-211	ENST00000467464	RS1	O15537	224 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	GCG	P01275	180 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	RNASE3	P12724	160 aa	Known RBP	8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP126	Q5VTH2	177 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PCNP	Q8WW12	178 aa	Known RBP	8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PTH2	Q96A98	100 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00479	Q96M42	142 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	8.08	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	FXYD6-FXYD2	A0A087WZ82	144 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PRE2	83 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		K7EP13	123 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TAAR5	O14804	337 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF876P	Q49A33	203 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	SMUG1	Q53HV7	270 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF506	Q5JVG8	444 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PRNT	Q86SH4	94 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNDC17	Q9BRA2	123 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MSRB1	Q9NZV6	116 aa		8.07	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WTM6	91 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ERVFC1-1	P60608	527 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NFE4	Q86UQ8	179 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T35	Q8NGX2	323 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CYTL1	Q9NRR1	136 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV9-2	A0A087WT02	112 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CTXND1	A0A1B0GTU2	59 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TRBV6-4	A0A1B0GX49	114 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		K7EQM0	130 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00694	P0DN24	101 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZSN1	163 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	SH2D6	Q7Z4S9	175 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464		Q86TA4	180 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	BORCS7-ASMT	A0A0B4J1R7	106 aa		8.04	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV3-73	A0A0B4J1V6	119 aa		8.04	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM74A7	A6NL05	159 aa		8.04	□□□□□ -1.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CIDEA	O60543	219 aa		8.04	□□□□□ -1.12

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 145.5 ms