RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		33.53	■■■□□ 2.96
NME3-208	ENST00000565379	SCN7A	Q01118	1682 aa		33.52	■■■□□ 2.96
NME3-208	ENST00000565379	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	33.52	■■■□□ 2.96
NME3-208	ENST00000565379	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		33.52	■■■□□ 2.96
NME3-208	ENST00000565379	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	33.52	■■■□□ 2.96
NME3-208	ENST00000565379	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	33.51	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		33.5	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		33.5	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	33.5	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	SERPINB2	P05120	415 aa		33.49	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		33.49	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379		A0A087WZG4	1122 aa		33.48	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	CAMTA2	O94983	1202 aa		33.46	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		33.46	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	NBPF26	B4DH59	902 aa		33.45	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	33.45	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	NBPF15	Q8N660	670 aa		33.45	■■■□□ 2.95
NME3-208	ENST00000565379	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		33.44	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		33.44	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		33.43	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	PIM2	Q9P1W9	311 aa		33.43	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		33.42	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	33.41	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		33.41	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	ERBB4	Q15303	1308 aa		33.41	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		33.4	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	33.4	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	33.4	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	KRT24	Q2M2I5	525 aa		33.39	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	33.39	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	33.39	■■■□□ 2.94
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		33.37	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		33.37	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	33.37	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	HSPA6	P17066	643 aa		33.37	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	KIF3C	O14782	793 aa		33.36	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		33.36	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		33.35	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	TSPYL6	Q8N831	410 aa		33.35	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	CEP350	Q5VT06	3117 aa		33.34	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		33.34	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	ZNF428	Q96B54	188 aa		33.34	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	VAMP4	O75379	141 aa		33.33	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		33.33	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		33.33	■■■□□ 2.93
NME3-208	ENST00000565379	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	33.31	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	33.3	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	SETDB2	Q96T68	719 aa		33.29	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		33.28	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	33.28	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	HLF	Q16534	295 aa		33.27	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	STK31	Q9BXU1	1019 aa		33.27	■■■□□ 2.92
NME3-208	ENST00000565379	RASSF7	Q02833	373 aa		33.26	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	CNBD1	Q8NA66	436 aa		33.26	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379		H0YIN7	160 aa		33.25	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	TOMM70	O94826	608 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	PDIA6	Q15084	440 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	NECTIN2	Q92692	538 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	HYPK	Q9NX55	129 aa		33.24	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	MYL6B	P14649	208 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	TTLL6	Q8N841	843 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	FAM177B	A6PVY3	158 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	PRELP	P51888	382 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	33.22	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	33.21	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	NPHP1	O15259	732 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	RNF181	Q9P0P0	153 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-208	ENST00000565379	SBF1	O95248	1867 aa		33.2	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		33.19	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	PDE6B	P35913	854 aa		33.18	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	ANXA1	P04083	346 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	ST5	P78524	1137 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	PROSER3	Q2NL68	480 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	RGL2	O15211	777 aa		33.16	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	NFKBIE	O00221	500 aa		33.15	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	SLC4A2	P04920	1241 aa		33.15	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	APLP1	P51693	650 aa		33.15	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		33.15	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		33.14	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	SLX4	Q8IY92	1834 aa		33.14	■■■□□ 2.9
NME3-208	ENST00000565379	C21orf2	O43822	256 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	SRGN	P10124	158 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	CACNA1S	Q13698	1873 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	NUP98	P52948	1817 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		33.12	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	ABCC12	Q96J65	1359 aa		33.11	■■■□□ 2.89

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