RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000306324.3

HOXD4-201, Transcript of homeobox D4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD4, Length 1,464 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4-201ENST00000306324 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP29.02■■■□□ 2.24
HOXD4-201ENST00000306324 GNPATO15228 680 aa29.01■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 KRT24Q2M2I5 525 aa29.01■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 USP16Q9Y5T5 823 aa29.01■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 RC3H1Q5TC82 1133 aaKnown RBP29■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP29■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 GOLGA2Q08379 1002 aa28.99■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 CCDC87Q9NVE4 849 aa28.99■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 INTS5Q6P9B9 1019 aaKnown RBP28.97■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 FANCIQ9NVI1 1328 aa28.97■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 PHF14O94880 888 aa28.97■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 MYH16Q9H6N6 1097 aa28.97■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 SMIM5Q71RC9 77 aa28.96■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 ZBTB1Q9Y2K1 713 aa28.96■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP28.96■■■□□ 2.23
HOXD4-201ENST00000306324 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP28.95■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 A1BGP04217 495 aa28.95■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 CANXP27824 592 aaKnown RBP28.95■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 AMIGO3Q86WK7 504 aa28.95■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa28.95■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 EIF2S2P20042 333 aaKnown RBP28.94■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP28.93■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 RPS6KA4O75676 772 aa28.93■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 DUSP27Q5VZP5 1158 aa28.93■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 C8orf58Q8NAV2 365 aa28.93■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 E9PSI1 815 aa28.92■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 MSH5O43196 834 aa28.92■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 SSFA2P28290 1259 aa28.92■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 CDCA7LQ96GN5 454 aa28.92■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 CASZ1Q86V15 1759 aa28.92■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 NECTIN2Q92692 538 aa28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 PDGFDQ9GZP0 370 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 C4AP0C0L4 1744 aa28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 FLAD1Q8NFF5 587 aa28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 HOXB7P09629 217 aa28.9■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 SLFN5Q08AF3 891 aa28.9■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 EXOSC9Q06265 439 aaKnown RBP28.89■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 TRAPPC3LQ5T215 181 aa28.89■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 TSPYL6Q8N831 410 aa28.89■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP28.89■■■□□ 2.22
HOXD4-201ENST00000306324 ZBED9Q6R2W3 1325 aa28.88■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa28.87■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 COL15A1P39059 1388 aa28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 NBPF26B4DH59 902 aa28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 ADRA2BP18089 450 aa28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 IL6STP40189 918 aaPredicted RBP28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 NBPF15Q8N660 670 aa28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 ARHGEF1Q92888 912 aaKnown RBP28.86■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 MYL6BP14649 208 aa28.85■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 RFC4P35249 363 aa28.85■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 EIF5P55010 431 aaKnown RBP28.85■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 ERBB4Q15303 1308 aa28.83■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 ARXQ96QS3 562 aa28.83■■■□□ 2.21
HOXD4-201ENST00000306324 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP28.82■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 ZBTB7AO95365 584 aa28.81■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 ANXA1P04083 346 aa28.81■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 CHPF2Q9P2E5 772 aa28.81■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP28.8■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 A0A087WZG4 1122 aa28.79■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 PDIA6Q15084 440 aa28.79■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 PROSER3Q2NL68 480 aa28.79■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 CACNA1FO60840 1977 aa28.79■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 CCDC30Q5VVM6 783 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 SLC16A10Q8TF71 515 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 CHMP4AQ9BY43 222 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 SRP68Q9UHB9 627 aaKnown RBP28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 TBC1D2BQ9UPU7 963 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 ZPR1O75312 459 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 VAMP4O75379 141 aa28.78■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 DZIP3Q86Y13 1208 aaKnown RBP28.77■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP28.76■■■□□ 2.2
HOXD4-201ENST00000306324 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP28.76■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 MSL1Q68DK7 614 aa28.76■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 MTFR1LQ9H019 292 aa28.76■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 NARFQ9UHQ1 456 aa28.76■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP28.76■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 BCORQ6W2J9 1755 aa28.75■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 SCN7AQ01118 1682 aa28.75■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 USPL1Q5W0Q7 1092 aa28.75■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 STK31Q9BXU1 1019 aa28.74■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 GYS1P13807 737 aa28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 LRP10Q7Z4F1 713 aa28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 TTLL7Q6ZT98 887 aa28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 HYPKQ9NX55 129 aa28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 NUP98P52948 1817 aa28.72■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa28.71■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 COL24A1Q17RW2 1714 aa28.71■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 KIF6Q6ZMV9 814 aa28.71■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 SPON1Q9HCB6 807 aa28.71■■■□□ 2.19
HOXD4-201ENST00000306324 COPS6Q7L5N1 327 aa28.7■■■□□ 2.18
HOXD4-201ENST00000306324 XAGE3Q8WTP9 111 aa28.7■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.7 ms