Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE4Q8N205 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE4Q8N205 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.2 ms