Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Col3a1P08121 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Col3a1P08121 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Col3a1P08121 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Col3a1P08121 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Col3a1P08121 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
Col3a1P08121 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Col3a1P08121 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.4 ms