Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC47.27■■■■■ 5.16
Col3a1P08121 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
Col3a1P08121 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.98■■■■■ 4.47
Col3a1P08121 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC41.37■■■■■ 4.21
Col3a1P08121 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC41.06■■■■■ 4.16
Col3a1P08121 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC40.57■■■■■ 4.08
Col3a1P08121 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.55■■■■■ 4.08
Col3a1P08121 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
Col3a1P08121 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.93■■■■□ 3.98
Col3a1P08121 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
Col3a1P08121 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
Col3a1P08121 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC39.44■■■■□ 3.9
Col3a1P08121 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
Col3a1P08121 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.25■■■■□ 3.87
Col3a1P08121 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
Col3a1P08121 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
Col3a1P08121 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC38.25■■■■□ 3.71
Col3a1P08121 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
Col3a1P08121 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC38.09■■■■□ 3.69
Col3a1P08121 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC38.09■■■■□ 3.69
Col3a1P08121 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
Col3a1P08121 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC37.91■■■■□ 3.66
Col3a1P08121 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
Col3a1P08121 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.62
Col3a1P08121 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
Col3a1P08121 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
Col3a1P08121 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
Col3a1P08121 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
Col3a1P08121 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC37.57■■■■□ 3.6
Col3a1P08121 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
Col3a1P08121 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
Col3a1P08121 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC37.44■■■■□ 3.58
Col3a1P08121 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
Col3a1P08121 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC37.29■■■■□ 3.56
Col3a1P08121 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
Col3a1P08121 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
Col3a1P08121 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
Col3a1P08121 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
Col3a1P08121 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
Col3a1P08121 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
Col3a1P08121 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
Col3a1P08121 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Col3a1P08121 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
Col3a1P08121 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
Col3a1P08121 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
Col3a1P08121 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Col3a1P08121 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
Col3a1P08121 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Col3a1P08121 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col3a1P08121 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
Col3a1P08121 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Col3a1P08121 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
Col3a1P08121 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
Col3a1P08121 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC35.79■■■■□ 3.32
Col3a1P08121 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC35.67■■■■□ 3.3
Col3a1P08121 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
Col3a1P08121 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col3a1P08121 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col3a1P08121 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col3a1P08121 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
Col3a1P08121 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col3a1P08121 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col3a1P08121 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col3a1P08121 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col3a1P08121 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Col3a1P08121 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Col3a1P08121 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
Col3a1P08121 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Col3a1P08121 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
Col3a1P08121 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
Col3a1P08121 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
Col3a1P08121 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC35.13■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC35.08■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
Col3a1P08121 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
Col3a1P08121 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC34.97■■■■□ 3.19
Col3a1P08121 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Col3a1P08121 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
Col3a1P08121 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC34.94■■■■□ 3.18
Col3a1P08121 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
Col3a1P08121 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
Col3a1P08121 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC34.83■■■■□ 3.17
Col3a1P08121 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Col3a1P08121 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
Col3a1P08121 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
Col3a1P08121 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC34.7■■■■□ 3.15
Col3a1P08121 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
Col3a1P08121 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
Col3a1P08121 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
Col3a1P08121 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
Col3a1P08121 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
Col3a1P08121 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
Col3a1P08121 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
Col3a1P08121 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
Col3a1P08121 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
Col3a1P08121 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC34.57■■■■□ 3.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms