Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM28Q13263 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
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