Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Col6a3E9PWQ3 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Col6a3E9PWQ3 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
Col6a3E9PWQ3 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Col6a3E9PWQ3 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col6a3E9PWQ3 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Col6a3E9PWQ3 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Col6a3E9PWQ3 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Col6a3E9PWQ3 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Col6a3E9PWQ3 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Col6a3E9PWQ3 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Col6a3E9PWQ3 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Col6a3E9PWQ3 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Col6a3E9PWQ3 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
Col6a3E9PWQ3 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col6a3E9PWQ3 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col6a3E9PWQ3 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col6a3E9PWQ3 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a3E9PWQ3 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Col6a3E9PWQ3 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col6a3E9PWQ3 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Col6a3E9PWQ3 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Col6a3E9PWQ3 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.7 ms