Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.9 ms