RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481121.5

NELFE-208, Transcript of negative elongation factor complex member E, human

TSL 2

Gene NELFE, Length 1,543 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NELFE-208	ENST00000481121	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	28.28	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	28.27	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		28.27	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	BTAF1	O14981	1849 aa		28.26	■■■□□ 2.12
NELFE-208	ENST00000481121	EYA1	Q99502	592 aa		28.26	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	28.25	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	28.25	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		28.25	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	28.22	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		28.21	■■■□□ 2.11
NELFE-208	ENST00000481121	MTHFS	P49914	203 aa		28.2	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		28.2	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		28.2	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		28.2	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		28.19	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		28.19	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		28.17	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	KCNQ2	O43526	872 aa		28.16	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		28.15	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	ITGB4	P16144	1822 aa		28.15	■■■□□ 2.1
NELFE-208	ENST00000481121	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	28.13	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	PLSCR1	O15162	318 aa		28.13	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	IL13	P35225	146 aa		28.13	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	SPG7	Q9UQ90	795 aa		28.13	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	28.1	■■■□□ 2.09	2e-7	■■□□□ 13.6
NELFE-208	ENST00000481121	KDR	P35968	1356 aa		28.1	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	CYP27B1	O15528	508 aa		28.09	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	LY75	O60449	1722 aa		28.08	■■■□□ 2.09
NELFE-208	ENST00000481121	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		28.08	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		28.07	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	28.06	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	28.04	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	PPP2R1A	P30153	589 aa		28.03	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	CFAP53	Q96M91	514 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	28.02	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	TXNRD1	Q16881	649 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NELFE-208	ENST00000481121	PHKG2	P15735	406 aa		28.01	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	28.01	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	PAPPA	Q13219	1627 aa		28	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		28	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	NBPF14	Q5TI25	921 aa		28	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	HMOX1	P09601	288 aa		27.99	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	27.99	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	PROM2	Q8N271	834 aa		27.99	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		27.98	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		27.97	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	27.97	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	27.97	■■■□□ 2.07
NELFE-208	ENST00000481121	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		27.95	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	LRP5	O75197	1615 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	C5	P01031	1676 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	CASZ1	Q86V15	1759 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	DCAF5	Q96JK2	942 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	NUDC	Q9Y266	331 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	RALBP1	Q15311	655 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NELFE-208	ENST00000481121	PALLD	Q8WX93	1383 aa		27.89	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	STK32B	Q9NY57	414 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	PIGB	Q92521	554 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	27.85	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	27.83	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	27.83	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	SLC15A2	Q16348	729 aa		27.83	■■■□□ 2.05
NELFE-208	ENST00000481121	KCNQ4	P56696	695 aa		27.82	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		27.82	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	MRC1	P22897	1456 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	PRKAR2B	P31323	418 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	CABP4	P57796	275 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	C4B	P0C0L5	1744 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	ZNF827	Q17R98	1081 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.04
NELFE-208	ENST00000481121	MAP3K5	Q99683	1374 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NELFE-208	ENST00000481121	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		27.75	■■■□□ 2.03

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