RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470356.3

HMG20B-209, Transcript of high mobility group 20B, human

TSL 1 (best)

Gene HMG20B, Length 806 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HMG20B-209	ENST00000470356	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		43.39	■■■■■ 4.54
HMG20B-209	ENST00000470356	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	43.39	■■■■■ 4.54
HMG20B-209	ENST00000470356	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	43.38	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		43.37	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		43.36	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		43.34	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	43.33	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	43.33	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		43.33	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	PAPPA	Q13219	1627 aa		43.33	■■■■■ 4.53
HMG20B-209	ENST00000470356	ZBTB7A	O95365	584 aa		43.31	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		43.31	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	43.3	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	43.3	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		43.3	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	43.29	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		43.28	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		43.26	■■■■■ 4.52
HMG20B-209	ENST00000470356	NSD2	O96028	1365 aa		43.25	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	43.24	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		43.23	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	PTGER2	P43116	358 aa		43.23	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	43.23	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	MTFR1L	Q9H019	292 aa		43.21	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	ZNF827	Q17R98	1081 aa		43.2	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		43.2	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		43.2	■■■■■ 4.51
HMG20B-209	ENST00000470356	LY75	O60449	1722 aa		43.18	■■■■■ 4.5
HMG20B-209	ENST00000470356	POLK	Q9UBT6	870 aa		43.18	■■■■■ 4.5
HMG20B-209	ENST00000470356	NCAPD2	Q15021	1401 aa		43.17	■■■■■ 4.5
HMG20B-209	ENST00000470356	AKT1S1	Q96B36	256 aa		43.17	■■■■■ 4.5
HMG20B-209	ENST00000470356	PANK3	Q9H999	370 aa		43.16	■■■■■ 4.5
HMG20B-209	ENST00000470356	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		43.12	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	CYP27B1	O15528	508 aa		43.11	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	KCNQ4	P56696	695 aa		43.11	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		43.1	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		43.1	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	43.09	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	EYA1	Q99502	592 aa		43.09	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	43.07	■■■■■ 4.49
HMG20B-209	ENST00000470356	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		43.06	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		43.04	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		43.04	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	SPG7	Q9UQ90	795 aa		43.04	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		43.02	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	43.02	■■■■■ 4.48
HMG20B-209	ENST00000470356	ITGB4	P16144	1822 aa		43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	43	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	ARX	Q96QS3	562 aa		42.98	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	SYT17	Q9BSW7	474 aa		42.98	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		42.97	■■■■■ 4.47
HMG20B-209	ENST00000470356	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	42.93	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	PALLD	Q8WX93	1383 aa		42.92	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		42.91	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	MORC1	Q86VD1	984 aa		42.91	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	42.91	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		42.91	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		42.9	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	PIGB	Q92521	554 aa		42.89	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	C5	P01031	1676 aa		42.89	■■■■■ 4.46
HMG20B-209	ENST00000470356	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		42.88	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		42.88	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		42.87	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	MAP3K5	Q99683	1374 aa		42.87	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	PHKG2	P15735	406 aa		42.86	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	YY1	P25490	414 aa		42.86	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	POLD1	P28340	1107 aa		42.86	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		42.84	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	42.82	■■■■■ 4.45
HMG20B-209	ENST00000470356	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		42.8	■■■■■ 4.44
HMG20B-209	ENST00000470356	MSH5	O43196	834 aa		42.78	■■■■■ 4.44
HMG20B-209	ENST00000470356	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	42.78	■■■■■ 4.44
HMG20B-209	ENST00000470356	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		42.75	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	42.73	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	C4B	P0C0L5	1744 aa		42.73	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		42.72	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		42.71	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	SIK1	P57059	783 aa		42.71	■■■■■ 4.43
HMG20B-209	ENST00000470356	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		42.69	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	42.68	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	AK7	Q96M32	723 aa		42.68	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		42.67	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	42.67	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		42.67	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	KLHL34	Q8N239	644 aa		42.67	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	DCAF5	Q96JK2	942 aa		42.67	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	ATG3	Q9NT62	314 aa		42.66	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	IL13	P35225	146 aa		42.65	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		42.65	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	42.64	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	UTRN	P46939	3433 aa		42.64	■■■■■ 4.42
HMG20B-209	ENST00000470356	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		42.63	■■■■■ 4.41
HMG20B-209	ENST00000470356	MSL1	Q68DK7	614 aa		42.62	■■■■■ 4.41
HMG20B-209	ENST00000470356	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		42.62	■■■■■ 4.41
HMG20B-209	ENST00000470356	KDR	P35968	1356 aa		42.62	■■■■■ 4.41
HMG20B-209	ENST00000470356	CHD4	Q14839	1912 aa		42.61	■■■■■ 4.41

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.7 ms