RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416417.5

USP4-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP4, Length 1,536 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-204ENST00000416417 POLR3GLQ9BT43 218 aa16.14■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 RTL1A6NKG5 1358 aa16.13■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 NSD3Q9BZ95 1437 aa16.13■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa16.13■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 DOT1LQ8TEK3 1739 aa16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 SHANK3Q9BYB0 1731 aa16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 MTFR1LQ9H019 292 aa16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 NSD2O96028 1365 aa16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 KIF20BQ96Q89 1820 aa16.12■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 CDCA8Q53HL2 280 aa16.11■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 SGIP1Q9BQI5 828 aa16.11■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa16.1■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 AKT1S1Q96B36 256 aa16.1■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP16.09■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 INSRP06213 1382 aa16.09■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 DCAF8L1A6NGE4 600 aa16.09■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 TATP17735 454 aaPredicted RBP16.09■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 SYT17Q9BSW7 474 aa16.09■□□□□ 0.17
USP4-204ENST00000416417 FLT4P35916 1363 aa16.08■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 ARXQ96QS3 562 aa16.08■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa16.07■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 SLC27A3Q5K4L6 730 aa16.07■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa16.07■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 KLHL34Q8N239 644 aa16.06■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP16.05■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 CYP27B1O15528 508 aa16.04■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa16.04■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 MSH5O43196 834 aa16.04■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 CGNL1Q0VF96 1302 aa16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa16.03■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 LY75O60449 1722 aa16.02■□□□□ 0.16
USP4-204ENST00000416417 EYA1Q99502 592 aa16.01■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 POLKQ9UBT6 870 aa16.01■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 KIF24Q5T7B8 1368 aa16.01■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 MSL1Q68DK7 614 aa16■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 SMIM5Q71RC9 77 aa16■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 CLSPNQ9HAW4 1339 aa16■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 WASHC2AQ641Q2 1341 aa15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 PALLDQ8WX93 1383 aa15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 POLD1P28340 1107 aa15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 SLC16A10Q8TF71 515 aa15.99■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 QSER1Q2KHR3 1735 aa15.98■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP15.98■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 NLGN2Q8NFZ4 835 aa15.98■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 PANK3Q9H999 370 aa15.98■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 PIGBQ92521 554 aa15.97■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa15.97■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 NCAPD2Q15021 1401 aa15.96■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 GPR162Q16538 588 aa15.96■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 AMIGO3Q86WK7 504 aa15.96■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 SPG7Q9UQ90 795 aa15.96■□□□□ 0.15
USP4-204ENST00000416417 PKD1L3Q7Z443 1732 aa15.96■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 UTRNP46939 3433 aa15.95■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 MAP3K5Q99683 1374 aa15.95■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 C5P01031 1676 aa15.94■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 PHF14O94880 888 aa15.94■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 ITGB4P16144 1822 aa15.93■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 ASAP1Q9ULH1 1129 aa15.93■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 COL24A1Q17RW2 1714 aa15.92■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 PHKG2P15735 406 aa15.92■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 LINC00116Q8NCU8 138 aa15.91■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP15.91■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 AK7Q96M32 723 aa15.91■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 TMOD3Q9NYL9 352 aa15.91■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 IFNL2Q8IZJ0 200 aa15.9■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 C4BP0C0L5 1744 aa15.9■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 TAF1LQ8IZX4 1826 aa15.9■□□□□ 0.14
USP4-204ENST00000416417 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 SIK1P57059 783 aa15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 ITPK1Q13572 414 aa15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 MORC1Q86VD1 984 aa15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 AEBP1Q8IUX7 1158 aa15.89■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP15.89■□□□□ 0.133e-7■□□□□ 11.2
USP4-204ENST00000416417 IGSF1Q8N6C5 1336 aa15.88■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP15.88■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 ATG3Q9NT62 314 aa15.88■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 WWC3Q9ULE0 1092 aa15.88■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP15.86■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 ATP6V1AP38606 617 aa15.86■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 GNPATO15228 680 aa15.85■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP15.85■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 FLAD1Q8NFF5 587 aa15.85■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 SLC4A9Q96Q91 983 aa15.84■□□□□ 0.13
USP4-204ENST00000416417 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.2 ms