RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460297.1

NME4-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 4, human

TSL 5

Gene NME4, Length 1,652 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME4-209	ENST00000460297	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	32.32	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	32.32	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	IP6K1	Q92551	441 aa		32.32	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		32.31	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	32.31	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	32.31	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	32.3	■■■□□ 2.76	5e-8	■□□□□ 9.6
NME4-209	ENST00000460297	COL18A1	P39060	1754 aa		32.28	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	CPD	O75976	1380 aa		32.28	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	RGPD5	Q99666	1765 aa		32.28	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME4-209	ENST00000460297	KIAA0232	Q92628	1395 aa		32.26	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		32.24	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	32.24	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		32.24	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		32.23	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	ABCC6	O95255	1503 aa		32.21	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	CHRNA2	Q15822	529 aa		32.21	■■■□□ 2.75
NME4-209	ENST00000460297	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	32.2	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	HMOX1	P09601	288 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	FCHSD2	O94868	740 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	RUNDC1	Q96C34	613 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	EYA1	Q99502	592 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		32.15	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME4-209	ENST00000460297	APAF1	O14727	1248 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	ERBB3	P21860	1342 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	PRKAR2B	P31323	418 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	HSPA1L	P34931	641 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	JCAD	Q9P266	1359 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	KDR	P35968	1356 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	FAM83G	A6ND36	823 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	NBPF4	Q96M43	638 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	32.09	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME4-209	ENST00000460297	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	32.06	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		32.05	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	32.05	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		32.05	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		32.05	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	NCAPD2	Q15021	1401 aa		32.04	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	32.04	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	32.02	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	ADAMTS2	O95450	1211 aa		32.02	■■■□□ 2.72
NME4-209	ENST00000460297	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		31.99	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	31.99	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	NEUROD2	Q15784	382 aa		31.99	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		31.98	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	NEFM	P07197	916 aa		31.98	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	NGEF	Q8N5V2	710 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	BTG4	Q9NY30	223 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		31.97	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		31.95	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	ZNF521	Q96K83	1311 aa		31.95	■■■□□ 2.71
NME4-209	ENST00000460297	NFE2L2	Q16236	605 aa		31.93	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	31.93	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	31.93	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	LRP6	O75581	1613 aa		31.93	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	STRN4	Q9NRL3	753 aa		31.92	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	EVA1C	P58658	441 aa		31.91	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	RIPK4	P57078	832 aa		31.9	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	CCDC27	Q2M243	656 aa		31.9	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	31.9	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	WWC1	Q8IX03	1113 aa		31.9	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	NRAP	Q86VF7	1730 aa		31.9	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		31.89	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		31.89	■■■□□ 2.7
NME4-209	ENST00000460297	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		31.88	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	31.88	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	SLIT2	O94813	1529 aa		31.87	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		31.86	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	CRB1	P82279	1406 aa		31.85	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		31.85	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	PDE3B	Q13370	1112 aa		31.84	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	MEGF6	O75095	1541 aa		31.83	■■■□□ 2.69
NME4-209	ENST00000460297	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		31.82	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	C8orf37	Q96NL8	207 aa		31.82	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	GOLGA2	Q08379	1002 aa		31.81	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		31.81	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	NGLY1	Q96IV0	654 aa		31.79	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	WDR63	Q8IWG1	891 aa		31.78	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	31.78	■■■□□ 2.68
NME4-209	ENST00000460297	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	31.77	■■■□□ 2.68

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