RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000571409.1

CTDNEP1-206, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

TSL 5

Gene CTDNEP1, Length 741 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		43.43	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ACE	P12821	1306 aa		43.43	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		43.41	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	43.4	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CABP2	Q9NPB3	220 aa		43.4	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TONSL	Q96HA7	1378 aa		43.4	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		43.39	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		43.39	■■■■■ 4.54
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		43.37	■■■■■ 4.53
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FAM83G	A6ND36	823 aa		43.34	■■■■■ 4.53
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GLI3	P10071	1580 aa		43.33	■■■■■ 4.53
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		43.32	■■■■■ 4.53
CTDNEP1-206	ENST00000571409	EVC2	Q86UK5	1308 aa		43.29	■■■■■ 4.52
CTDNEP1-206	ENST00000571409	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	43.28	■■■■■ 4.52
CTDNEP1-206	ENST00000571409	VPS72	Q15906	364 aa		43.27	■■■■■ 4.52
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	43.26	■■■■■ 4.52
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		43.25	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		43.25	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NRAP	Q86VF7	1730 aa		43.24	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		43.23	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CABP1	Q9NZU7	370 aa		43.23	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BTG4	Q9NY30	223 aa		43.22	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ABTB2	Q8N961	1025 aa		43.19	■■■■■ 4.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		43.18	■■■■■ 4.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KIAA0232	Q92628	1395 aa		43.15	■■■■■ 4.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	43.14	■■■■■ 4.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP6	P35125	1406 aa		43.14	■■■■■ 4.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		43.12	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		43.11	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	43.1	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP19	O94966	1318 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CHRNA2	Q15822	529 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NLRP13	Q86W25	1043 aa		43.07	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	43.05	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-206	ENST00000571409	AKAP12	Q02952	1782 aa		43.02	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SSH2	Q76I76	1423 aa		43.01	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409		A0A0G2JS52	829 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MYT1	Q01538	1121 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PIK3C2A	O00443	1686 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GC	P02774	474 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NLRP6	P59044	892 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CPD	O75976	1380 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	STRN4	Q9NRL3	753 aa		42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	EP400	Q96L91	3159 aa		42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	42.94	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLIT3	O75094	1523 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		42.9	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CCDC125	Q86Z20	511 aa		42.9	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		42.9	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	42.9	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		42.88	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		42.88	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	EVA1C	P58658	441 aa		42.87	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		42.84	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TMC1	Q8TDI8	760 aa		42.83	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TESK2	Q96S53	571 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		42.8	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP35	Q9P2H5	1018 aa		42.79	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-206	ENST00000571409	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	42.75	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		42.75	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	42.74	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		42.73	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		42.73	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP47	Q96K76	1375 aa		42.72	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLC24A1	O60721	1099 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	COL18A1	P39060	1754 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SOX12	O15370	315 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FAM182B	Q5T319	152 aa		42.68	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409		A0A1W2PP64	1363 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP54	Q70EL1	1684 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NFAT5	O94916	1531 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP31	Q70CQ4	1352 aa		42.65	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CRB1	P82279	1406 aa		42.64	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NME9	Q86XW9	330 aa		42.64	■■■■■ 4.42

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 130.9 ms