RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000551549.1

GCN1-208, Transcript of GCN1, eIF2 alpha kinase activator homolog, human

TSL 2

Gene GCN1, Length 258 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GCN1-208	ENST00000551549	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		13.98	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	BTG4	Q9NY30	223 aa		13.98	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	ALS2	Q96Q42	1657 aa		13.97	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	GLI3	P10071	1580 aa		13.96	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		13.96	□□□□□ -0.17
GCN1-208	ENST00000551549	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	ABCA3	Q99758	1704 aa		13.95	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		13.95	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		13.94	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	CABP1	Q9NZU7	370 aa		13.94	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	KIAA0232	Q92628	1395 aa		13.94	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	ITSN1	Q15811	1721 aa		13.93	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	CHRNA2	Q15822	529 aa		13.93	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	ABTB2	Q8N961	1025 aa		13.93	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		13.93	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		13.92	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		13.92	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	EVC2	Q86UK5	1308 aa		13.91	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		13.91	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549		A0A0G2JS52	829 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	MYT1	Q01538	1121 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	CCDC125	Q86Z20	511 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		13.9	□□□□□ -0.18
GCN1-208	ENST00000551549	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	STRN4	Q9NRL3	753 aa		13.89	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		13.89	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	USP19	O94966	1318 aa		13.89	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	TONSL	Q96HA7	1378 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	NRAP	Q86VF7	1730 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	NLRP13	Q86W25	1043 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	GC	P02774	474 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	USP6	P35125	1406 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	NLRP6	P59044	892 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	SSH2	Q76I76	1423 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	EVA1C	P58658	441 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	FAM182B	Q5T319	152 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	CPD	O75976	1380 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	USP35	Q9P2H5	1018 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		13.83	□□□□□ -0.19
GCN1-208	ENST00000551549	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	SOX12	O15370	315 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	TMC1	Q8TDI8	760 aa		13.79	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	SLIT3	O75094	1523 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		13.78	□□□□□ -0.2
GCN1-208	ENST00000551549	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	PIK3C2A	O00443	1686 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	TESK2	Q96S53	571 aa		13.77	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		13.76	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	BAG6	P46379	1132 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	PDE3B	Q13370	1112 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	NME9	Q86XW9	330 aa		13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	TRIM37	O94972	964 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		13.74	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	CRB1	P82279	1406 aa		13.73	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	AKAP12	Q02952	1782 aa		13.73	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	USP31	Q70CQ4	1352 aa		13.72	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		13.72	□□□□□ -0.21
GCN1-208	ENST00000551549	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		13.72	□□□□□ -0.21

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