RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478603.5

C9orf3-216, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 2

Gene C9orf3, Length 802 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-216	ENST00000478603	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		32.93	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	32.91	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	32.91	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	NRAP	Q86VF7	1730 aa		32.91	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		32.9	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		32.9	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	ACE	P12821	1306 aa		32.89	■■■□□ 2.86
C9orf3-216	ENST00000478603	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	EP400	Q96L91	3159 aa		32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	BTG4	Q9NY30	223 aa		32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		32.87	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		32.84	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		32.84	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	CABP2	Q9NPB3	220 aa		32.83	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	32.83	■■■□□ 2.85
C9orf3-216	ENST00000478603	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		32.8	■■■□□ 2.84
C9orf3-216	ENST00000478603	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		32.8	■■■□□ 2.84
C9orf3-216	ENST00000478603	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	32.78	■■■□□ 2.84
C9orf3-216	ENST00000478603	KIAA0232	Q92628	1395 aa		32.77	■■■□□ 2.84
C9orf3-216	ENST00000478603	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	CCDC125	Q86Z20	511 aa		32.75	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603		A0A0G2JS52	829 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	MYT1	Q01538	1121 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	CHRNA2	Q15822	529 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	ABTB2	Q8N961	1025 aa		32.73	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		32.71	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	CABP1	Q9NZU7	370 aa		32.7	■■■□□ 2.83
C9orf3-216	ENST00000478603	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		32.7	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		32.7	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		32.7	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	32.69	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	EVC2	Q86UK5	1308 aa		32.67	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	STRN4	Q9NRL3	753 aa		32.66	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	USP19	O94966	1318 aa		32.64	■■■□□ 2.82
C9orf3-216	ENST00000478603	USP6	P35125	1406 aa		32.63	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		32.62	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	NLRP13	Q86W25	1043 aa		32.62	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		32.62	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		32.6	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	32.59	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		32.59	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	GC	P02774	474 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	FAM182B	Q5T319	152 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	CPD	O75976	1380 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-216	ENST00000478603	EVA1C	P58658	441 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	SSH2	Q76I76	1423 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	TONSL	Q96HA7	1378 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	NLRP6	P59044	892 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	USP35	Q9P2H5	1018 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	PIK3C2A	O00443	1686 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	AKAP12	Q02952	1782 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		32.54	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	32.52	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
C9orf3-216	ENST00000478603	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		32.51	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	SLIT3	O75094	1523 aa		32.51	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		32.47	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	32.46	■■■□□ 2.79
C9orf3-216	ENST00000478603	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		32.44	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	32.43	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	BAG6	P46379	1132 aa		32.43	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		32.41	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	COL18A1	P39060	1754 aa		32.41	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		32.4	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		32.39	■■■□□ 2.78
C9orf3-216	ENST00000478603	SOX12	O15370	315 aa		32.38	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		32.37	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	32.37	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	CRB1	P82279	1406 aa		32.36	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		32.36	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	RGPD5	Q99666	1765 aa		32.36	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	PDE3B	Q13370	1112 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	TRIM37	O94972	964 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	TMC1	Q8TDI8	760 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	32.33	■■■□□ 2.77	2e-6	■□□□□ 9.3
C9orf3-216	ENST00000478603	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	32.33	■■■□□ 2.77
C9orf3-216	ENST00000478603	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		32.32	■■■□□ 2.76
C9orf3-216	ENST00000478603	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		32.32	■■■□□ 2.76
C9orf3-216	ENST00000478603	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		32.31	■■■□□ 2.76
C9orf3-216	ENST00000478603	NFAT5	O94916	1531 aa		32.31	■■■□□ 2.76
C9orf3-216	ENST00000478603	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		32.3	■■■□□ 2.76
C9orf3-216	ENST00000478603	DISP2	A7MBM2	1401 aa		32.29	■■■□□ 2.76

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