RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000338045.7

LIMS1-202, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-202ENST00000338045 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa20.62■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP20.6■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 AATKQ6ZMQ8 1374 aa20.6■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 PNPLA6Q8IY17 1366 aa20.6■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP20.6■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa20.59■□□□□ 0.89
LIMS1-202ENST00000338045 TTC21AQ8NDW8 1320 aa20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 STRCQ7RTU9 1775 aa20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 OVOS2Q6IE36 1432 aa20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 COG3Q96JB2 828 aa20.58■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 ERICH6Q7L0X2 663 aa20.57■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP20.57■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP20.57■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 ZRANB1Q9UGI0 708 aa20.57■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa20.56■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 STRCP1A6NGW2 1772 aa20.56■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa20.56■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 POLKQ9UBT6 870 aa20.56■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 PDE3BQ13370 1112 aa20.55■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 C14orf37Q86TY3 774 aa20.53■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 PHF8Q9UPP1 1060 aa20.53■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 NUDCQ9Y266 331 aa20.53■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP20.53■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 USP31Q70CQ4 1352 aa20.52■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 C19orf44Q9H6X5 657 aa20.52■□□□□ 0.88
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC146Q8IYE0 955 aa20.51■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 NGEFQ8N5V2 710 aa20.51■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP20.51■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 TMEM94Q12767 1356 aa20.51■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 FBLN1P23142 703 aa20.5■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP20.5■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF521Q96K83 1311 aa20.5■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 DCCP43146 1447 aa20.5■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 PIK3C2AO00443 1686 aa20.49■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 USP54Q70EL1 1684 aa20.48■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 APAF1O14727 1248 aa20.48■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP20.48■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 RUNDC1Q96C34 613 aa20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 IQSEC2Q5JU85 1478 aa20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 ESCO1Q5FWF5 840 aa20.47■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 C1orf167Q5SNV9 1468 aa20.46■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 LRRC7Q96NW7 1537 aa20.46■□□□□ 0.87
LIMS1-202ENST00000338045 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP20.44■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP20.44■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP20.43■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 MST1RQ04912 1400 aa20.43■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 CDCA7LQ96GN5 454 aa20.43■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 ORAI2Q96SN7 254 aa20.43■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP20.43■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP20.42■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 PLEKHF1Q96S99 279 aa20.42■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 KIF1AQ12756 1690 aa20.42■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 IL13P35225 146 aa20.41■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 ATF3P18847 181 aa20.41■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 TCP11L2Q8N4U5 519 aa20.41■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 NLRP6P59044 892 aa20.4■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP20.4■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP20.4■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 PSME1Q06323 249 aa20.39■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 GOLGA2Q08379 1002 aa20.39■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 CADPS2Q86UW7 1296 aa20.39■□□□□ 0.86
LIMS1-202ENST00000338045 NEFLP07196 543 aa20.39■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 ABTB2Q8N961 1025 aa20.39■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 PEAK1Q9H792 1746 aa20.39■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 MSH6P52701 1360 aa20.39■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 FCHSD2O94868 740 aa20.38■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP20.38■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 RNF123Q5XPI4 1314 aa20.38■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP20.37■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC27Q2M243 656 aa20.37■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 MAP3K19Q56UN5 1328 aa20.37■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 FOXO3O43524 673 aa20.37■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 WWC1Q8IX03 1113 aa20.37■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 FKBP8Q14318 412 aa20.36■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 RSPH6AQ9H0K4 717 aa20.36■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 SBNO1A3KN83 1393 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 KIF24Q5T7B8 1368 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 SLFN5Q08AF3 891 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 DUSP27Q5VZP5 1158 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 DMRT2Q9Y5R5 561 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 TRPM3Q9HCF6 1732 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 FLT4P35916 1363 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-202ENST00000338045 NUTM2GQ5VZR2 741 aa20.33■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 SOX12O15370 315 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 E9PSI1 815 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 TMPOP42166 694 aaKnown RBP20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-202ENST00000338045 KRT28Q7Z3Y7 464 aa20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 62.3 ms