RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 CCDC66A2RUB6 948 aa11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 CLASRPQ8N2M8 674 aaKnown RBP11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 PPFIBP1Q86W92 1011 aa11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 INCENPQ9NQS7 918 aa11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 C22orf23Q9BZE7 217 aa11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 KRT18P05783 430 aaKnown RBP11.1□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 FHOD3Q2V2M9 1422 aa11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 TRIM5Q9C035 493 aa11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 CCDC88BA6NC98 1476 aa11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 PTPRGP23470 1445 aa11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 ENOX2Q16206 610 aaKnown RBP11.09□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP11.08□□□□□ -0.63
CUX1-201ENST00000292535 TRIM22Q8IYM9 498 aa11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 PLIN1O60240 522 aa11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CCDC30Q5VVM6 783 aa11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 NACAP1Q9BZK3 213 aa11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CECR2Q9BXF3 1484 aa11.08□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP11.07□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TSPYL1Q9H0U9 437 aa11.07□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP11.07□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 AEBP1Q8IUX7 1158 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 MRE11P49959 708 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 MTMR7Q9Y216 660 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD1Q15327 319 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CBFA2T2O43439 604 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SCAPERQ9BY12 1400 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 APAF1O14727 1248 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 NEFHP12036 1026 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CUX1P39880 1505 aa11.06□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 ABTB2Q8N961 1025 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CDKL5O76039 1030 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 NEBLO76041 1014 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 PDCL3Q9H2J4 239 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TTC39AQ5SRH9 613 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 KIAA0754O94854 1291 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 EXOC6Q8TAG9 804 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 NOL7Q9UMY1 257 aaKnown RBP11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 POTEJP0CG39 1038 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa11.05□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TTLL5Q6EMB2 1281 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 GNAI3P08754 354 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TSPY26PQ9H489 355 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SURF6O75683 361 aaKnown RBP11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 JAKMIP3Q5VZ66 844 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CCDC69A6NI79 296 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 OSCARQ8IYS5 282 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TANGO6Q9C0B7 1094 aa11.04□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CCDC57Q2TAC2 916 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 PDIA4P13667 645 aaKnown RBP11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SOGA3Q5TF21 947 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 ZSCAN25Q6NSZ9 544 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 FANCIQ9NVI1 1328 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 EIF3JO75822 258 aaKnown RBP11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 CCDC192P0DO97 292 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 TNIP1Q15025 636 aa11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 PPP1R12BO60237 982 aaPredicted RBP11.03□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 FYCO1Q9BQS8 1478 aa11.02□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 AXDND1Q5T1B0 1012 aaPredicted RBP11.02□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 SERPINC1P01008 464 aa11.02□□□□□ -0.64
CUX1-201ENST00000292535 MPHOSPH8Q99549 860 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CCDC181Q5TID7 509 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 MPHOSPH10O00566 681 aaKnown RBP11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 STK38Q15208 465 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CCDC112Q8NEF3 446 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 SEPT11Q9NVA2 429 aaKnown RBP11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 MATR3P43243 847 aaKnown RBP eCLIP11.02□□□□□ -0.655e-7■■■■□ 22.9
CUX1-201ENST00000292535 WASF1Q92558 559 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CNNM1Q9NRU3 951 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CTNNA3Q9UI47 895 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CEP131Q9UPN4 1083 aa11.02□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 ATP2B2Q01814 1243 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 MYOM3Q5VTT5 1437 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CADPSQ9ULU8 1353 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 HMOX1P09601 288 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 NLRP6P59044 892 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CAVIN1Q6NZI2 390 aaKnown RBP11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 SLC4A3P48751 1232 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 ZHX3Q9H4I2 956 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 VSIG10Q8N0Z9 540 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CCDC7Q96M83 1385 aa11.01□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 ME1P48163 572 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC2Q99543 621 aaKnown RBP11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 EPB41L2O43491 1005 aaKnown RBP11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 UBAC1Q9BSL1 405 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD62A6NC57 917 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 GNAI2P04899 355 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 CCDC91Q7Z6B0 441 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 TMOD2Q9NZR1 351 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 SEC63Q9UGP8 760 aaKnown RBP11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 FEZ1Q99689 392 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 LNPKQ9C0E8 428 aa11□□□□□ -0.65
CUX1-201ENST00000292535 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP11□□□□□ -0.65
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 116.2 ms