RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa28.08■■■□□ 2.09
CLN3-260ENST00000637578 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa28.07■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 NHSL1Q5SYE7 1610 aa28.06■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 ADGRB1O14514 1584 aa28.05■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 ORAI2Q96SN7 254 aa28.05■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP28.05■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa28.04■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP28.02■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 DLC1Q96QB1 1528 aa28.01■■■□□ 2.08
CLN3-260ENST00000637578 SOCS7O14512 581 aa28■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 LRRC59Q96AG4 307 aaKnown RBP28■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 SHPRHQ149N8 1683 aa28■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP27.97■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 PRAM1Q96QH2 718 aa27.97■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 LRP6O75581 1613 aa27.95■■■□□ 2.07
CLN3-260ENST00000637578 ESCO1Q5FWF5 840 aa27.94■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 TRAK1Q9UPV9 953 aa27.92■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 PNPLA6Q8IY17 1366 aa27.92■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 FMN2Q9NZ56 1722 aa27.91■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 POGKQ9P215 609 aa27.9■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 NUTM2FA1L443 756 aa27.9■■■□□ 2.06
CLN3-260ENST00000637578 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP27.89■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 NPHP3Q7Z494 1330 aa27.89■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 POTEAQ6S8J7 498 aa27.87■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 SIN3AQ96ST3 1273 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 PCGF6Q9BYE7 350 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 PXDNQ92626 1479 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 FOXO3O43524 673 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 ADGRB2O60241 1585 aa27.85■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa27.84■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 L3MBTL2Q969R5 705 aa27.84■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP27.83■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP27.83■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP27.83■■■□□ 2.05
CLN3-260ENST00000637578 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP27.82■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 NBPF1Q3BBV0 1214 aa27.81■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 ANKARQ7Z5J8 1434 aa27.8■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP27.79■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 KIF1AQ12756 1690 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP27.78■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 PHF8Q9UPP1 1060 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 ARHGEF28Q8N1W1 1705 aaKnown RBP27.78■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP27.77■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 ZNF772Q68DY9 489 aaPredicted RBP27.77■■■□□ 2.04
CLN3-260ENST00000637578 WASLO00401 505 aaPredicted RBP27.76■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 NEUROD1Q13562 356 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 USP32Q8NFA0 1604 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP27.75■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 RGPD8O14715 1765 aaPredicted RBP27.75■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP27.73■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 KRT28Q7Z3Y7 464 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 PRR36Q9H6K5 1346 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 TULP4Q9NRJ4 1543 aa27.72■■■□□ 2.03
CLN3-260ENST00000637578 AFF2P51816 1311 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 C8orf37Q96NL8 207 aa27.69■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 PSME1Q06323 249 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 ADAMTS2O95450 1211 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 SBNO1A3KN83 1393 aa27.67■■■□□ 2.02
CLN3-260ENST00000637578 CDK19Q9BWU1 502 aa27.64■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 TNS3Q68CZ2 1445 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 NGLY1Q96IV0 654 aa27.63■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 FNBP4Q8N3X1 1017 aaPredicted RBP27.62■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP27.62■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 ATP7BP35670 1465 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP27.61■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 NBPF8Q3BBV2 869 aa27.6■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 RXRBP28702 533 aa27.59■■■□□ 2.01
CLN3-260ENST00000637578 QTRT2Q9H974 415 aaKnown RBP27.57■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 ARHGEF10O15013 1369 aa27.57■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 GPRASP1Q5JY77 1395 aa27.57■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP27.56■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 CCDC61Q9Y6R9 512 aa27.56■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP27.55■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 TRPM3Q9HCF6 1732 aaPredicted RBP27.55■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP27.54■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 USP21Q9UK80 565 aa27.54■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 TONSLQ96HA7 1378 aa27.53■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 PLEKHG3A1L390 1219 aa27.53■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 ITSN1Q15811 1721 aa27.52■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP27.52■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP27.52■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 RBM6P78332 1123 aaKnown RBP27.52■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 BCL9LQ86UU0 1499 aa27.51■■■□□ 2
CLN3-260ENST00000637578 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa27.5■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 CABLES1Q8TDN4 633 aa27.5■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 LMOD2Q6P5Q4 547 aa27.49■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 TRPC5Q9UL62 973 aaPredicted RBP27.49■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 ALS2Q96Q42 1657 aa27.49■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 QRICH2Q9H0J4 1663 aa27.49■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 ATRNO75882 1429 aa27.47■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP27.47■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 ACEP12821 1306 aa27.47■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 SLIT2O94813 1529 aa27.47■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 CABP2Q9NPB3 220 aa27.46■■□□□ 1.99
CLN3-260ENST00000637578 RALGAPBQ86X10 1494 aa27.44■■□□□ 1.98
CLN3-260ENST00000637578 ABCA3Q99758 1704 aa27.43■■□□□ 1.98
CLN3-260ENST00000637578 EVC2Q86UK5 1308 aa27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.9 ms