RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	PDE4C	Q08493	712 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	VPS53	Q5VIR6	699 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	GNAI1	P63096	354 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	RASSF8	Q8NHQ8	419 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	SLFN5	Q08AF3	891 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	IL27	Q8NEV9	243 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	SKAP1	Q86WV1	359 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	REC8	O95072	547 aa		10.23	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	GRIN2A	Q12879	1464 aa		10.23	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		10.23	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	CDC45	O75419	566 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	MCTP1	Q6DN14	999 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	NECTIN2	Q92692	538 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	TOMM22	Q9NS69	142 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	WDR63	Q8IWG1	891 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		10.22	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	EVA1C	P58658	441 aa		10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	MARCH6	O60337	910 aa		10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	TRAK2	O60296	914 aa		10.21	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		10.2	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		10.2	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		10.2	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	PRKAR2B	P31323	418 aa		10.2	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	NUCB2	P80303	420 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	WWC1	Q8IX03	1113 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	MRE11	P49959	708 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	PRAM1	Q96QH2	718 aa		10.18	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		10.18	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		10.18	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	10.18	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	GCC1	Q96CN9	775 aa		10.17	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		10.17	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		10.17	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466		H3BQV1	296 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	IFFO2	Q5TF58	517 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	CDK19	Q9BWU1	502 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	FBXW7	Q969H0	707 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L1	Q8N7Z2	621 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	CEP89	Q96ST8	783 aa		10.15	□□□□□ -0.78
ALMS1-208	ENST00000620466	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	RAD21	O60216	631 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	WDR62	O43379	1518 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TEF	Q10587	303 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CABP1	Q9NZU7	370 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	RABEP1	Q15276	862 aa		10.12	□□□□□ -0.79

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