RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000519474.5

HDAC3-215, Transcript of histone deacetylase 3, human

TSL 3

Gene HDAC3, Length 736 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC3-215	ENST00000519474	TECPR2	O15040	1411 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	POTEA	Q6S8J7	498 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	NUTM2F	A1L443	756 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	MYOM2	P54296	1465 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	PRAM1	Q96QH2	718 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	FOXO3	O43524	673 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	POGK	Q9P215	609 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC3-215	ENST00000519474	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	LRP6	O75581	1613 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	NEUROD1	Q13562	356 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	ADGRB1	O14514	1584 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	SHPRH	Q149N8	1683 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-215	ENST00000519474	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	DLC1	Q96QB1	1528 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	LAMC1	P11047	1609 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	ADAMTS2	O95450	1211 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	AFF2	P51816	1311 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	NGLY1	Q96IV0	654 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	C8orf37	Q96NL8	207 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	PSME1	Q06323	249 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	PXDN	Q92626	1479 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	RXRB	P28702	533 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	CDK19	Q9BWU1	502 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		13.47	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-215	ENST00000519474	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	USP21	Q9UK80	565 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	SBNO1	A3KN83	1393 aa		13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	USP32	Q8NFA0	1604 aa		13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		13.41	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		13.41	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	ADGRB2	O60241	1585 aa		13.41	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	PLEKHG5	O94827	1062 aa		13.4	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
HDAC3-215	ENST00000519474	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	CABP2	Q9NPB3	220 aa		13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	KIF1A	Q12756	1690 aa		13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		13.38	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	FAM83G	A6ND36	823 aa		13.38	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		13.38	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		13.38	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ACE	P12821	1306 aa		13.38	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		13.37	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	13.36	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ARHGEF10	O15013	1369 aa		13.35	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	CABP1	Q9NZU7	370 aa		13.35	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ATRN	O75882	1429 aa		13.34	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	ATP7B	P35670	1465 aa		13.34	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.27
HDAC3-215	ENST00000519474	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		13.33	□□□□□ -0.28
HDAC3-215	ENST00000519474	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		13.33	□□□□□ -0.28

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