RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 IQSEC2Q5JU85 1478 aa41.94■■■■■ 4.31
LIMCH1-211ENST00000509638 USP47Q96K76 1375 aa41.94■■■■■ 4.3
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LIMCH1-211ENST00000509638 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP41.91■■■■■ 4.3
LIMCH1-211ENST00000509638 ADGRB2O60241 1585 aa41.91■■■■■ 4.3
LIMCH1-211ENST00000509638 MSH6P52701 1360 aa41.89■■■■■ 4.3
LIMCH1-211ENST00000509638 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa41.89■■■■■ 4.3
LIMCH1-211ENST00000509638 DCCP43146 1447 aa41.84■■■■■ 4.29
LIMCH1-211ENST00000509638 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP41.82■■■■■ 4.29
LIMCH1-211ENST00000509638 C19orf44Q9H6X5 657 aa41.81■■■■■ 4.28
LIMCH1-211ENST00000509638 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP41.79■■■■■ 4.28
LIMCH1-211ENST00000509638 FMN2Q9NZ56 1722 aa41.78■■■■■ 4.28
LIMCH1-211ENST00000509638 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa41.76■■■■■ 4.27
LIMCH1-211ENST00000509638 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa41.74■■■■■ 4.27
LIMCH1-211ENST00000509638 TULP4Q9NRJ4 1543 aa41.73■■■■■ 4.27
LIMCH1-211ENST00000509638 ATF3P18847 181 aa41.71■■■■■ 4.27
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP41.71■■■■■ 4.27
LIMCH1-211ENST00000509638 CADPS2Q86UW7 1296 aa41.69■■■■■ 4.26
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LIMCH1-211ENST00000509638 TESK2Q96S53 571 aa41.65■■■■■ 4.26
LIMCH1-211ENST00000509638 USP32Q8NFA0 1604 aa41.64■■■■■ 4.26
LIMCH1-211ENST00000509638 WASLO00401 505 aaPredicted RBP41.63■■■■■ 4.25
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LIMCH1-211ENST00000509638 EVC2Q86UK5 1308 aa41.58■■■■■ 4.25
LIMCH1-211ENST00000509638 NUTM2FA1L443 756 aa41.58■■■■■ 4.25
LIMCH1-211ENST00000509638 TOM1O60784 492 aa41.58■■■■■ 4.25
LIMCH1-211ENST00000509638 C1orf167Q5SNV9 1468 aa41.57■■■■■ 4.25
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP7BP35670 1465 aa41.57■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 ITSN1Q15811 1721 aa41.56■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 CDK19Q9BWU1 502 aa41.56■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKARQ7Z5J8 1434 aa41.55■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 SLAIN2Q9P270 581 aa41.54■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa41.54■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa41.53■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 DISP3Q9P2K9 1392 aa41.53■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP41.52■■■■■ 4.24
LIMCH1-211ENST00000509638 PRR36Q9H6K5 1346 aa41.5■■■■■ 4.23
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LIMCH1-211ENST00000509638 TMF1P82094 1093 aa41.47■■■■■ 4.23
LIMCH1-211ENST00000509638 PIP4K2BP78356 416 aa41.46■■■■■ 4.23
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF1AQ12756 1690 aa41.45■■■■■ 4.23
LIMCH1-211ENST00000509638 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP41.44■■■■■ 4.22
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LIMCH1-211ENST00000509638 ORAI2Q96SN7 254 aa41.4■■■■■ 4.22
LIMCH1-211ENST00000509638 ATAD2Q6PL18 1390 aa41.4■■■■■ 4.22
LIMCH1-211ENST00000509638 ESCO1Q5FWF5 840 aa41.39■■■■■ 4.22
LIMCH1-211ENST00000509638 BRINP3Q76B58 766 aa41.39■■■■■ 4.22
LIMCH1-211ENST00000509638 NHSL1Q5SYE7 1610 aa41.36■■■■■ 4.21
LIMCH1-211ENST00000509638 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa41.36■■■■■ 4.21
LIMCH1-211ENST00000509638 MYOM1P52179 1685 aa41.34■■■■■ 4.21
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC61Q9Y6R9 512 aa41.33■■■■■ 4.21
LIMCH1-211ENST00000509638 CDCA8Q53HL2 280 aa41.33■■■■■ 4.21
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LIMCH1-211ENST00000509638 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP41.27■■■■■ 4.2
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LIMCH1-211ENST00000509638 NINLQ9Y2I6 1382 aa41.21■■■■■ 4.19
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF7Q2M1P5 1343 aa41.21■■■■■ 4.19
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHG3A1L390 1219 aa41.2■■■■■ 4.19
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LIMCH1-211ENST00000509638 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP41.2■■■■■ 4.19
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LIMCH1-211ENST00000509638 CD163L1Q9NR16 1453 aa41.16■■■■■ 4.18
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LIMCH1-211ENST00000509638 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa41.15■■■■■ 4.18
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LIMCH1-211ENST00000509638 KRT28Q7Z3Y7 464 aa41.04■■■■■ 4.16
LIMCH1-211ENST00000509638 TERF2IPQ9NYB0 399 aa41.03■■■■■ 4.16
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LIMCH1-211ENST00000509638 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP41.03■■■■■ 4.16
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LIMCH1-211ENST00000509638 TNS3Q68CZ2 1445 aa40.98■■■■■ 4.15
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP40.98■■■■■ 4.15
LIMCH1-211ENST00000509638 SBNO1A3KN83 1393 aa40.97■■■■■ 4.15
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