RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM49B	Q9NUQ9	324 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FNIP2	Q9P278	1114 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CTTNBP2NL	Q9P2B4	639 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	LAMA3	Q16787	3333 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	GRID2IP	A4D2P6	1211 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MYO1F	O00160	1098 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MOCS3	O95396	460 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	RB1	P06400	928 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	GLI1	P08151	1106 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC1A1	P43005	524 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ACAP1	Q15027	740 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TPGS2	Q68CL5	300 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM117B	Q6P1L5	589 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SYT10	Q6XYQ8	523 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM35A	Q86V20	835 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PIGZ	Q86VD9	579 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC35F6	Q8N357	371 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MYLPF	Q96A32	169 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	C8orf48	Q96LL4	319 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SMO	Q99835	787 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	NUP85	Q9BW27	656 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	OSGEP	Q9NPF4	335 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMLHE	Q9NVH6	421 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	COMMD8	Q9NX08	183 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM59L	Q9UK28	342 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	IRAK3	Q9Y616	596 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	USP3	Q9Y6I4	520 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CAPN6	Q9Y6Q1	641 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SZT2	Q5T011	3432 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CTAGE9	A4FU28	777 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	HHLA1	C9JL84	531 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FANCG	O15287	622 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	BUB1	O43683	1085 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TLL1	O43897	1013 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	BUB1B	O60566	1050 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ABLIM3	O94929	683 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO21	O94952	628 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ERBB2	P04626	1255 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ADORA2B	P29275	332 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CASQ1	P31415	396 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MAN1A1	P33908	653 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PBX3	P40426	434 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC6A3	Q01959	620 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CREM	Q03060	361 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	UBE3A	Q05086	875 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MEI1	Q5TIA1	1274 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PM20D1	Q6GTS8	502 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	BEND5	Q7L4P6	421 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	NIPA2	Q8N8Q9	360 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ZMIZ2	Q8NF64	920 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	GUCD1	Q96NT3	240 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SAMD11	Q96NU1	681 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CNGB3	Q9NQW8	809 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM51	Q9NW97	253 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	IL37	Q9NZH6	218 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAI1	Q9UI46	699 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ALG6	Q9Y672	507 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529		E5RJQ4	531 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TULP2	O00295	520 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CLDN5	O00501	218 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SART1	O43290	800 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PALM	O75781	387 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	AP1G2	O75843	785 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	BEST1	O76090	585 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FGF18	O76093	207 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT3	P12035	628 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB2	P25686	324 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	GLUD2	P49448	558 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB33A	Q14088	237 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	PIGH	Q14442	188 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	EFHC1	Q5JVL4	640 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJC24	Q6P3W2	148 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC26A9	Q7LBE3	791 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	NT5DC3	Q86UY8	548 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP57	Q86XR8	500 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF461	Q8TAF7	563 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	IRGQ	Q8WZA9	623 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM209	Q96SK2	561 aa		13.42	□□□□□ -0.26

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44 ms