RNA–Protein interactions for RNA: YHR120W

MSH1, Transcript of DNA-binding protein of the mitochondria, yeast

Gene MSH1, Length 2,880 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
MSH1	YHR120W	YDL009C	Q12210	107 aa		4.16	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	FUN14	P18411	198 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	YKL075C	P36083	450 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	YER188W	P40103	239 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	XPT1	P47165	209 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	YGR149W	P48236	432 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	YOL118C	Q08259	102 aa		4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	PAA1	Q12447	191 aa	Known RBP	4.15	□□□□□ -1.74
MSH1	YHR120W	SPS18	P32572	300 aa		4.15	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	PIR5	P46999	287 aa		4.15	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YIL134C-A	Q45U18	67 aa		4.15	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ROX3	P25046	220 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	GAR1	P28007	205 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	NOP16	P40007	231 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	WSC2	P53832	503 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YOR192C-C	Q3E736	78 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YDL085C-A	Q3E7B7	68 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	FMP49	A0A023PZB3	126 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	CRH1	P53301	507 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	BOR1	P53838	576 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	DAD3	P69850	94 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	MCH1	Q07376	486 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SWT1	Q12104	458 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	DYN1	P36022	4092 aa		4.14	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	VPS63	O13549	108 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ICS2	P38284	255 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	LIP2	Q06005	328 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ERG27	Q12452	347 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YGL258W-A	Q3E740	77 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	URA5	P13298	226 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	FPR2	P32472	135 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ALG14	P38242	237 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	DUG3	P53871	357 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YMR007W	Q03675	126 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	FRQ1	Q06389	190 aa		4.13	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	FCY2	P17064	533 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YHR138C	P38841	114 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	PIC2	P40035	300 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	USV1	Q12132	391 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RFM1	Q12192	310 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPS25B	P0C0T4	108 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPL31A	P0C2H8	113 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPL31B	P0C2H9	113 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ATP10	P18496	279 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RNA15	P25299	296 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	TCA17	P32613	152 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	QDR3	P38227	689 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	LOA1	Q06508	300 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	MSA1	Q08471	629 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPS25A	Q3E792	108 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SRP14	P38985	146 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPL21A	Q02753	160 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ECM18	Q04623	453 aa		4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPL21B	Q12672	160 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	MRPL11	P36521	249 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	RPB11	P38902	120 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YAR068W	P39564	161 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	PCL7	P40186	285 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	HIT1	P46973	164 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ARR2	Q06597	130 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SUA7	P29055	345 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	REC104	P33323	182 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SAS2	P40963	338 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YFL015C	P43578	164 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	HSK3	P69852	69 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SAE3	P89114	91 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ADH6	Q04894	360 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YFH1	Q07540	174 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SOR2	Q07786	357 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	POM33	Q12164	279 aa		4.11	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	TRP4	P07285	380 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YFL054C	P43549	646 aa		4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ARR3	Q06598	404 aa		4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	POC4	Q12245	148 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YGL010W	P25338	174 aa		4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	DER1	P38307	211 aa		4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	CDC40	P40968	455 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	YOR105W	Q08504	108 aa		4.1	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	HMRA1	P0CY11	126 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	TOM40	P23644	387 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	HMX1	P32339	317 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	QRI5	P32344	111 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	PAU16	P35994	123 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	MIC27	P50945	234 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	CPD1	P53314	239 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SHH3	Q04487	196 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	SMT3	Q12306	101 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	TIR1	P10863	254 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	CUE1	P38428	203 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	DFG10	P40526	253 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	IZH1	Q03419	316 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	NAT3	Q06504	195 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	LDS2	Q08218	356 aa		4.09	□□□□□ -1.75
MSH1	YHR120W	PMU1	P36069	295 aa		4.08	□□□□□ -1.76

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 16.1 ms