RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa34.02■■■■□ 3.04
CLN3-232ENST00000568443 KCNA6P17658 529 aa34.01■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 HSPA1LP34931 641 aa34.01■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 RIMS2Q9UQ26 1411 aa34.01■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 ZFYVE9O95405 1425 aa34■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP34■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP33.98■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa33.96■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 NAIPQ13075 1403 aa33.96■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 ALKQ9UM73 1620 aa33.95■■■■□ 3.03
CLN3-232ENST00000568443 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP33.93■■■■□ 3.02
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP33.91■■■■□ 3.02
CLN3-232ENST00000568443 TMEM94Q12767 1356 aa33.89■■■■□ 3.02
CLN3-232ENST00000568443 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP33.89■■■■□ 3.02
CLN3-232ENST00000568443 TRIM52Q96A61 297 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-232ENST00000568443 TBX22Q9Y458 520 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-232ENST00000568443 HFM1A2PYH4 1435 aa33.85■■■■□ 3.01
CLN3-232ENST00000568443 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa33.84■■■■□ 3.01
CLN3-232ENST00000568443 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP33.84■■■■□ 3.01
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CLN3-232ENST00000568443 NWD1Q149M9 1564 aa33.81■■■■□ 3
CLN3-232ENST00000568443 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP33.8■■■■□ 3
CLN3-232ENST00000568443 ILDR2Q71H61 639 aa33.8■■■■□ 3
CLN3-232ENST00000568443 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP33.78■■■■□ 3
CLN3-232ENST00000568443 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa33.76■■■□□ 2.99
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CLN3-232ENST00000568443 MSH6P52701 1360 aa33.72■■■□□ 2.99
CLN3-232ENST00000568443 DIP2AQ14689 1571 aa33.71■■■□□ 2.99
CLN3-232ENST00000568443 PIK3R4Q99570 1358 aa33.71■■■□□ 2.99
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CLN3-232ENST00000568443 FAM135BQ49AJ0 1406 aa33.7■■■□□ 2.98
CLN3-232ENST00000568443 CLTCL1P53675 1640 aa33.68■■■□□ 2.98
CLN3-232ENST00000568443 C14orf37Q86TY3 774 aa33.65■■■□□ 2.98
CLN3-232ENST00000568443 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa33.64■■■□□ 2.98
CLN3-232ENST00000568443 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP33.64■■■□□ 2.98
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CLN3-232ENST00000568443 KIF1BO60333 1816 aa33.63■■■□□ 2.97
CLN3-232ENST00000568443 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa33.62■■■□□ 2.97
CLN3-232ENST00000568443 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa33.58■■■□□ 2.97
CLN3-232ENST00000568443 PTPRUQ92729 1446 aa33.57■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa33.57■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 SOCS7O14512 581 aa33.56■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 C19orf44Q9H6X5 657 aa33.56■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa33.56■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa33.56■■■□□ 2.96
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CLN3-232ENST00000568443 ATF3P18847 181 aa33.52■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 METP08581 1390 aa33.51■■■□□ 2.96
CLN3-232ENST00000568443 CADPS2Q86UW7 1296 aa33.51■■■□□ 2.95
CLN3-232ENST00000568443 MPHOSPH9Q99550 1183 aa33.51■■■□□ 2.95
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CLN3-232ENST00000568443 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP33.47■■■□□ 2.95
CLN3-232ENST00000568443 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP33.46■■■□□ 2.95
CLN3-232ENST00000568443 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP33.44■■■□□ 2.94
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CLN3-232ENST00000568443 PHLPP1O60346 1717 aa33.38■■■□□ 2.93
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CLN3-232ENST00000568443 DCCP43146 1447 aa33.35■■■□□ 2.93
CLN3-232ENST00000568443 PPLO60437 1756 aa33.34■■■□□ 2.93
CLN3-232ENST00000568443 JCADQ9P266 1359 aa33.31■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 BRINP3Q76B58 766 aa33.29■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa33.28■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa33.28■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa33.28■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP33.27■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa33.27■■■□□ 2.92
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa33.25■■■□□ 2.91
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CLN3-232ENST00000568443 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP33.24■■■□□ 2.91
CLN3-232ENST00000568443 PTCH1Q13635 1447 aa33.24■■■□□ 2.91
CLN3-232ENST00000568443 ROBO2Q9HCK4 1378 aa33.23■■■□□ 2.91
CLN3-232ENST00000568443 MST1RQ04912 1400 aa33.23■■■□□ 2.91
CLN3-232ENST00000568443 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP33.23■■■□□ 2.91
CLN3-232ENST00000568443 NALCNQ8IZF0 1738 aa33.19■■■□□ 2.9
CLN3-232ENST00000568443 PRAG1Q86YV5 1406 aa33.17■■■□□ 2.9
CLN3-232ENST00000568443 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa33.17■■■□□ 2.9
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa33.16■■■□□ 2.9
CLN3-232ENST00000568443 IFT172Q9UG01 1749 aa33.14■■■□□ 2.9
CLN3-232ENST00000568443 STK26Q9P289 416 aa33.13■■■□□ 2.89
CLN3-232ENST00000568443 TMEM132EQ6IEE7 984 aa33.1■■■□□ 2.89
CLN3-232ENST00000568443 HRCP23327 699 aa33.09■■■□□ 2.89
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CLN3-232ENST00000568443 C1orf167Q5SNV9 1468 aa33.09■■■□□ 2.89
CLN3-232ENST00000568443 PIK3C2GO75747 1445 aa33.09■■■□□ 2.89
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CLN3-232ENST00000568443 SHPRHQ149N8 1683 aa33.07■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 NHSL1Q5SYE7 1610 aa33.06■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 WAPLQ7Z5K2 1190 aa33.04■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 ORAI2Q96SN7 254 aa33.04■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 ABCC11Q96J66 1382 aa33.04■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP33.03■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 LRP6O75581 1613 aa33.02■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP33.02■■■□□ 2.88
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP33.02■■■□□ 2.88
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