RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496298.5

USP40-217, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 665 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-217ENST00000496298 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa29.32■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP29.31■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 SLC26A8Q96RN1 970 aa29.3■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 KCNA6P17658 529 aa29.29■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP29.28■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 CHGAP10645 457 aaKnown RBP29.27■■■□□ 2.28
USP40-217ENST00000496298 NWD1Q149M9 1564 aa29.25■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP29.23■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 PIP4K2BP78356 416 aa29.23■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP29.22■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 TBX22Q9Y458 520 aa29.22■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 TRPM2O94759 1503 aa29.21■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 BCANQ96GW7 911 aa29.21■■■□□ 2.27
USP40-217ENST00000496298 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP29.2■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP29.19■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 TRIM52Q96A61 297 aa29.18■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 CLTCL1P53675 1640 aa29.18■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa29.18■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 TMEM94Q12767 1356 aa29.17■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 HSPA1LP34931 641 aa29.17■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 DIP2AQ14689 1571 aa29.17■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP29.15■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP29.15■■■□□ 2.26
USP40-217ENST00000496298 KIF1BO60333 1816 aa29.13■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP29.12■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP29.12■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 PIK3R4Q99570 1358 aa29.12■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 DISP3Q9P2K9 1392 aa29.09■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa29.08■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa29.08■■■□□ 2.25
USP40-217ENST00000496298 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa29.07■■■□□ 2.24
USP40-217ENST00000496298 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP29.06■■■□□ 2.24
USP40-217ENST00000496298 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP29.05■■■□□ 2.24
USP40-217ENST00000496298 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa29.04■■■□□ 2.24
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USP40-217ENST00000496298 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP29.02■■■□□ 2.24
USP40-217ENST00000496298 PTPRUQ92729 1446 aa29■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 MSH6P52701 1360 aa29■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 MPHOSPH9Q99550 1183 aa28.98■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 SETD5Q9C0A6 1442 aa28.97■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa28.96■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP28.96■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa28.95■■■□□ 2.23
USP40-217ENST00000496298 FOXD1Q16676 465 aa28.95■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa28.93■■■□□ 2.22
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USP40-217ENST00000496298 PPLO60437 1756 aa28.93■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 METP08581 1390 aa28.92■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 SLAIN2Q9P270 581 aa28.91■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 ILDR2Q71H61 639 aa28.9■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP28.9■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 C19orf44Q9H6X5 657 aa28.89■■■□□ 2.22
USP40-217ENST00000496298 CCDC144AA2RUR9 1427 aa28.88■■■□□ 2.21
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USP40-217ENST00000496298 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa28.86■■■□□ 2.21
USP40-217ENST00000496298 C14orf37Q86TY3 774 aa28.84■■■□□ 2.21
USP40-217ENST00000496298 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa28.84■■■□□ 2.21
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USP40-217ENST00000496298 IFT172Q9UG01 1749 aa28.8■■■□□ 2.2
USP40-217ENST00000496298 DCCP43146 1447 aa28.8■■■□□ 2.2
USP40-217ENST00000496298 ATF3P18847 181 aa28.79■■■□□ 2.2
USP40-217ENST00000496298 PRAG1Q86YV5 1406 aa28.78■■■□□ 2.2
USP40-217ENST00000496298 HRCP23327 699 aa28.76■■■□□ 2.19
USP40-217ENST00000496298 PHLPP1O60346 1717 aa28.76■■■□□ 2.19
USP40-217ENST00000496298 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa28.75■■■□□ 2.19
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USP40-217ENST00000496298 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa28.73■■■□□ 2.19
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USP40-217ENST00000496298 NALCNQ8IZF0 1738 aa28.71■■■□□ 2.19
USP40-217ENST00000496298 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP28.69■■■□□ 2.18
USP40-217ENST00000496298 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP28.69■■■□□ 2.18
USP40-217ENST00000496298 ROBO2Q9HCK4 1378 aa28.68■■■□□ 2.18
USP40-217ENST00000496298 MST1RQ04912 1400 aa28.68■■■□□ 2.18
USP40-217ENST00000496298 SOCS7O14512 581 aa28.67■■■□□ 2.18
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USP40-217ENST00000496298 PIK3C2GO75747 1445 aa28.65■■■□□ 2.18
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USP40-217ENST00000496298 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa28.61■■■□□ 2.17
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USP40-217ENST00000496298 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP28.57■■■□□ 2.16
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USP40-217ENST00000496298 TMEM132EQ6IEE7 984 aa28.52■■■□□ 2.16
USP40-217ENST00000496298 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa28.51■■■□□ 2.15
USP40-217ENST00000496298 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
USP40-217ENST00000496298 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa28.5■■■□□ 2.15
USP40-217ENST00000496298 STK26Q9P289 416 aa28.5■■■□□ 2.15
USP40-217ENST00000496298 SIRT1Q96EB6 747 aa28.49■■■□□ 2.15
USP40-217ENST00000496298 CFAP70Q5T0N1 1121 aa28.47■■■□□ 2.15
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