RNA–Protein interactions for RNA: YPR094W

RDS3, Transcript of Component of the SF3b subcomplex of the U2 snRNP, yeast

Gene RDS3, Length 324 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RDS3	YPR094W	GUD1	Q07729	489 aa		0.47	□□□□□ -2.33
RDS3	YPR094W	YLR001C	Q07895	862 aa		0.47	□□□□□ -2.33
RDS3	YPR094W	FRE3	Q08905	711 aa		0.47	□□□□□ -2.33
RDS3	YPR094W	CDC53	Q12018	815 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
RDS3	YPR094W	BSC1	Q12140	328 aa		0.47	□□□□□ -2.33
RDS3	YPR094W	MSH2	P25847	964 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MSS51	P32335	436 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RPN2	P32565	945 aa	Known RBP	0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	TRS65	P32893	560 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	LOS1	P33418	1100 aa	Predicted RBP	0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	SRO77	P38163	1010 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	VBA2	P38358	474 aa	Known RBP	0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	TDA3	P38758	523 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RRP8	P38961	392 aa	Known RBP	0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RET2	P43621	546 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	UGO1	Q03327	502 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NSE3	Q05541	303 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	THI3	Q07471	609 aa		0.46	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YER145C-A	A0A023PYF4	145 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ILV2	P07342	687 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MRS3	P10566	314 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	SEC12	P11655	471 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	STI1	P15705	589 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.45	□□□□□ -2.34	not detected
RDS3	YPR094W	RPS2	P25443	254 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	OAF3	P36023	863 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	STB5	P38699	743 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RTS1	P38903	757 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	UBP8	P50102	471 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PEF1	P53238	335 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	SQS1	P53866	767 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	IGO1	P53897	168 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MCH4	Q08268	501 aa		0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	TMC1	Q08422	150 aa	Predicted RBP	0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	LEA1	Q08963	238 aa	Predicted RBP	0.45	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	GPA1	P08539	472 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RPS21A	P0C0V8	87 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NAT1	P12945	854 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	GLN3	P18494	730 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	KGD2	P19262	463 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YCR006C	P25350	157 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	AGA1	P32323	725 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	HXT4	P32467	576 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YEL045C	P32616	141 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PDR3	P33200	976 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YIR014W	P40570	242 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	TIS11	P47977	285 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YGL242C	P53066	181 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ECM9	Q02202	377 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YPL191C	Q08930	360 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	HFI1	Q12060	488 aa		0.44	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	CTT1	P06115	562 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	GDH1	P07262	454 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PGI1	P12709	554 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ATP12	P22135	325 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ARG1	P22768	420 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ATS1	P31386	333 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	DGR2	P32330	852 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YPK3	P38070	525 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	ERC1	P38767	581 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MDM31	P38880	579 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	CKB2	P38930	258 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MGS1	P40151	587 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NUP82	P40368	713 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NPA3	P47122	385 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YJR096W	P47137	282 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YDL186W	P48568	277 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YNL193W	P53870	558 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YNL181W	P53878	407 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	EKI1	Q03764	534 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YHM2	Q04013	314 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YDR415C	Q04033	374 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	SWF1	Q04629	336 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	FPR4	Q06205	392 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NTG2	Q08214	380 aa		0.43	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PHO8	P11491	566 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	GUK1	P15454	187 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	CWH43	P25618	953 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YCR061W	P25639	631 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PRE2	P30656	287 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	THI4	P32318	326 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MSN2	P33748	704 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	LNP1	P38878	278 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	BUD6	P41697	788 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	FET5	P43561	622 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YGR153W	P48238	217 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	MDR1	P53258	950 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	YNL234W	P53857	426 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RSF1	Q05043	376 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	UTP21	Q06078	939 aa	Predicted RBP	0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PSR2	Q07949	397 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	NGL1	Q08213	363 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	APM4	Q99186	491 aa		0.42	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	URA3	P03962	267 aa		0.41	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	AEP2	P22136	580 aa		0.41	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	PRS1	P32895	427 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	RPF2	P36160	344 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	TYS1	P36421	394 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
RDS3	YPR094W	AGP2	P38090	596 aa		0.41	□□□□□ -2.34

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 41.4 ms