RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	LNPK	Q9C0E8	428 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	GINM1	Q9NU53	330 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	SMC5	Q8IY18	1101 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	APPBP2	Q92624	585 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	FSD1	Q9BTV5	496 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	IGHD	P01880	384 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2D6	P10635	497 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CPA4	Q9UI42	421 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	GH2	P01242	217 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	HMGCS2	P54868	508 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	EVX2	Q03828	476 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2C8	P10632	490 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE1A	P54750	535 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	MTMR2	Q13614	643 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	OSBP2	Q969R2	916 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR18	Q9BV38	432 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	EFCC1	Q9HA90	598 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SHMT1	P34896	483 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	GABPA	Q06546	454 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	28.87	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	STAP2	Q9UGK3	403 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	KIF22	Q14807	665 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGEF6	Q15052	776 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	TREML2	Q5T2D2	321 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	C17orf99	Q6UX52	265 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	BAZ2A	Q9UIF9	1905 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	CABP5	Q9NP86	173 aa		28.85	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		28.85	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		28.85	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L12	C9JPN9	530 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L21	D6R901	530 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146		M0R2C6	588 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	GPAA1	O43292	621 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	BACE1	P56817	501 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	CAP1	Q01518	475 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	DYNLL2	Q96FJ2	89 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	SWAP70	Q9UH65	585 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	PNMA3	Q9UL41	463 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L10	C9JJH3	530 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	FEZ1	Q99689	392 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CPNE1-223	ENST00000475146	C19orf81	C9J6K1	198 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	NUCB1	Q02818	461 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	28.82	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	C12orf60	Q5U649	245 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	EVI5L	Q96CN4	794 aa		28.81	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		28.81	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	GNAT2	P19087	354 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	CTR9	Q6PD62	1173 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	SMIM22	K7EJ46	135 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	APP	P05067	770 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	BCR	P11274	1271 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	OSBP	P22059	807 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	TDO2	P48775	406 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	SEPT2	Q15019	361 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	PSMC4	P43686	418 aa		28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	CDK8	P49336	464 aa		28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH8	P13535	1937 aa		28.77	■■■□□ 2.2
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		28.76	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	GUCY1A2	P33402	732 aa		28.76	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	ACER1	Q8TDN7	264 aa		28.76	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	28.76	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		28.76	■■■□□ 2.19

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